Раён быў утвораны ў 1921 годзе. Уваходзіў у склад Крымскай АССР, потым Крымскай вобласці РСФСР, якая ў 1954 годзе была перададзена УССР. З 1991 года ў незалежнай Украіне.
18 сакавіка 2014 года Джанкойскі раён уключаны ў склад Рэспублікі Крым Расійскай Федэрацыі. 16 жніўня 2022 года ў выніку дыверсіі здарылася ўзгаранне на складзе воінскай часці, дэтанацыя боепрыпасаў[4], нанесены ўрон грамадзянскім аб’ектам, у тым ліку ЛЭП, электрастанцыі, чыгуначнаму палатну, жылым дамам[5].
Зноскі
↑(unspecified title) Праверана 27 кастрычніка 2016.
↑Гэты аб’ект размешчаны на тэрыторыі паўвострава Крым і кантралюецца Расіяй. Міжнародная супольнасць не прызнае ўключэнне Крыма ў склад Расіі і лічыць яго анексіяй часткі тэрыторыі Украіны (гл. Рэзалюцыю 68/262 Генеральнай Асамблеі ААН).