Малафееў дэбютаваў у матчы супраць ўладзікаўказскай«Аланіі», пасля таго, як Раман Беразоўскі быў выдалены за абразу ў адрас суддзі. Аднак скарыстацца шанцам стаць першым нумарам Малафееў не здолеў. Тым не менш, менавіта з гэтага часу Вячаслава сталі выклікаць у алімпійскую зборную Расіі, за якую ён упершыню згуляў супраць Арменіі 4 верасня 1999 года.
У 2003 годзе Малафееў разам з «Зенітам» заняў другое месца ў чэмпіянаце, атрымаўшы прыз «Варатар года» імя Льва Яшына і трапіў у спіс 33 найлепшых футбалістаў чэмпіянату Расіі. Два раўнацэнныя варатары «Зеніта», Каміл Чантафальскі і Малафееў, стала змагаліся за месца ў асноўным складзе. У 2005 годзе, зарабіўшы выдаленне ў кубкавым матчы супраць ЦСКА, Вячаслаў надоўга стаў другім варатаром. У сваю чаргу, у пачатку 2006 года Чантафальскі быў выдалены ў матчы Кубка УЕФА супраць «Русенборга», і Малафееў у выніку згуляў у тым годзе 36 гульняў, прапусціўшы ў іх 30 мячоў і зноў трапіўшы ў спіс 33 найлепшых футбалістаў чэмпіянату.
У наступным годзе ў каманды не было ярка выяўленага першага нумару. Малафееў згуляў 24 гульні, прапусціў 27 мячоў, заваяваў залатыя медалі чэмпіянату і стаў «варатаром года»[3].
Міжнародная
З 2000 году Вячаслаў прыцягваўся да збораў нацыянальнай зборнай Расіі. У лістападзе 2003 года Вячаслаў згуляў свой першы матч за зборную Расіі, калі Расія праводзіла другую стыкавую гульню супраць зборнай Уэльса.
Вячаслаў з’яўляецца ўдаўцом, яго жонка Марына Малафеева, прадпрымальнік, загінула ў аўтамабільнай аварыі 17 сакавіка 2011 года. Разам з Марынай у Вячаслава маюцца двое дзяцей — дачка Ксенія (2003) і сын Максім (2006).
