Müqəddəs Nikolay kilsəsi (alm. Nikolaikirche) — Almaniyanın paytaxtı Berlindəki ən qədim kilsədir. Kilsə Berlinin mərkəzi inzibati dairəsi olan Mittenin şərq tərəfində yerləşir. Kilsənin ətrafındakı bir tərəfi Şpree çayı ilə həmsərhəd olan yer, "Nikolay məhəlləsi' kimi tanınır. Bu ərazidə əsasən bərpa edilmiş Orta Əsr tikililəri və ya həmin tikililərin sonradan hazırlanmış oxşarları mövcuddur. Kilsə XIII əsrdə inşa edilmiş və "Aleksandrplats"da yerləşən Müqəddəs Məryəm Kilsəsi ilə birlikdə Berlinin ən qədim kilsəsidir.
Katolik kilsəsi kimi tikilən Müqəddəs Nikolay kilsəsi 1539-cu ildə Brandenburq knyazlığında baş verən reformasiyadan sonra lüteran kilsəsinə çevrildi. XVII əsrdə dini nəğmələr bəstələyən Paul Gerhard kilsənin keşişi olduğu vaxt bəstəkar İohann Krüger kilsənin musiqi rəhbəri idi. 1691–1705-ci illər arasında kilsəyə lüteran ilahiyyatçı Filip Yakob Şpener başçılıq edib. 1913–1923-cü illər arasında kilsənin rəhbəri olmuş Vilhelm Vessel görkəmli nasistlərdən biri olan Horst Vesselin atası idi.
Kilsə 1938-ci ildə Reformasiya günündə (31 oktyabr) son dəfə öz icmasına xidmət etdi və daha sonra Berlinin ən qədim, möhkəm binalarından biri kimi muzeyə çevrildi.
İkinci Dünya müharibəsi zamanı baş verən yanğınlarda qüllələrin yuxarı hissələri yanğından zərər görmüş və Berlinin bombalanması zamanı kilsənin damı zədələnmişdir. 1949-cu ildə kilsənin sütunları və zirzəmiləri dağılmışdır. Berlinin parçalanmasından sonra kilsənin qalıqları Şərqi Berlində qaldı və yalnız 1981-ci ildə kilsənin bərpasına başlandı. Bu gün kilsə muzey və bəzən konsert salonu kimi xidmət edir[1].