La Copa del Rei de Fútbol 1998-99 ye la edición númberu 95 de dicha competición española. Apostar cola participación d'equipos de les divisiones Primer, Segunda, Segunda B y Tercer, sacante los equipos filiales d'otros clubes anque xugaren en diches categoríes.
El campeón foi'l Valencia, por 6ª vegada na so hestoria, al vencer na final apostada en La Cartuxa al Atlético de Madrid por 3 goles a 0.
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