المجموعة الثالثة من تصفيات أوروبا المؤهلة إلى بطولة كأس العالم لكرة القدم 2006 في ألمانيا ضمت منتخبات إستونيا، لاتفيا، ليشتنشتاين، لوكسمبورغ، روسيا، البرتغال، وسلوفاكيا .
حقق منتخب البرتغال المركز الأول وتأهل مباشرة إلى بطولة كأس العالم بينما احتل منتخب سلوفاكيا المركز الثاني وانتقل إلى الملحق الأوروبي .