الدور الثاني من مسابقة الاتحاد الإفريقي الأولمبية للرجال 2012 سيقام يوم 25–27 مارس 2011 و 8–10 إبريل 2011. وسوف تكون حسب نظام ذهاب وإياب. القرعة عقدت يوم 24 ديسمبر، 2011. الفائزين الـ16 من الدور الثاني سيتم تقسيمهم إلى أربعة مجموعات للعب على نظام الدوري المجزأ من مرحلتين على أن يلعب الدور التالي من يونيو 2011 إلى مارس 2012.
