أصبح رئيسا لجنوب أفريقيا في ولايته الأولى في يونيو سنة 1999. وأعيد انتخابه لرئاسة البلاد في الانتخابات الديمقراطية الثالثة عام 2004 مع أغلبية برلمانية أكبر.[7] و كان من المقرر أن تنتهي فترة الرئاسة الأخيرة للرئيس مبيكي بحكم الدستور في عام 2009 حيث أن دستور البلاد لا يسمح بشغل منصب رئاسة الدولة أكثر من فترتين.[8] وقد ركز في فترة حكمة على تعزيز المصالحة وبناء مؤسسات الدولة وانعاش الاقتصاد ومعالجة المشاكل الداخلية وتعزيز المكانة القارية والدولية لجنوب أفريقيا.
مبيكي وزوما
سعى أعضاء حزب المؤتمر الوطني الأفريقي خلال مؤتمرهم الحزبي في 2007 إلى تغيير الرئيس بحيث يخرج من الحكم وينتخب نائب الرئيس السابق جاكوب زوما الذي كان قد أقاله الرئيس في 2005 للاشتباه في تورطه في الفساد.