Mayoritas penduduk Desa Sitinjo II adalah Suku Batak Toba. Selain itu, terdapat juga etnis Batak Pakpak, Batak Karo, Batak Simalungun, dan suku-suku non-Batak. Estimasi jumlah etnis Batak Pakpak di Desa Sitinjo II adalah sekitar 20% dari total populasi desa, yang mayoritasnya merupakan marga Bako.