Saddam ditangkap pada tanggal 13 Desember 2003.[9] Saddam tetap dalam tahanan di Camp Cropper, Baghdad, bersama dengan 11 pejabat senior Ba'ath. Perhatian khusus diberikan pada aktivitas-aktivitas pada kampanye berdarah terhadap orang Kurdi di utara selama Perang Iran-Irak, terhadap Syi'ah di selatan pada tahun 1991 dan 1999 untuk meredam pemberontakan, dan di Dujail setelah percobaan pembunuhan yang gagal pada tanggal 8 Juli1982, selama Perang Iran-Irak. Saddam menegaskan dalam pembelaannya bahwa ia telah dijatuhkan secara tidak sah, dan tetap menjadi Presiden Irak.
Pengadilan pertama dimulai sebelum Pengadilan Khusus Irak pada tanggal 19 Oktober2005. Dalam kasus ini, Saddam dan 7 terdakwa lainnya diadili atas kejahatan terhadap kemanusiaan dengan memandang pada peristiwa yang berlangsung setelah pembunuhan yang gagal di Dujail pada tahun 1982 (lihat juga pelanggaran HAM di Irak). Pengadilan kedua yang terpisah dimulai pada tanggal 21 Agustus2006,[10] mendakwa Saddam dan 6 ko-terdakwa atas genosida selama Kampanye Al-Anfal terhadap suku Kurdi di Irak Utara. Saddam juga diadili in absentia untuk peristiwa pada masa Perang Iran-Irak dan invasi Kuwait, termasuk kejahatan perang, kejahatan terhadap kemanusiaan, dan genosida.
Pada tanggal 5 November 2006, Saddam dijatuhi hukuman mati dengan digantung. Pada tanggal 26 Desember, banding Saddam ditolak dan hukuman mati ditegakkan. Tidak ada banding lanjutan yang diterima dan Saddam diperintahkan dieksekusi dalam 30 hari sejak tanggal itu. Tempat dan waktu hukuman mati dirahasiakan hingga hukuman dilaksanakan.[11]Saddam Hussein dieksekusi dengan digantung pada tanggal 30 Desember 2006.[12] Dengan kematiannya, dakwaan lain digugurkan.
