Namun, gelar yang tertua di Filipina, telah menjadi bahan perdebatan antara dua lembaga pendidikan: Universitas Santo Tomas dan Universitas San Carlos.[2]
Universitas Santo Tomas (UST) didirikan pada tahun 1611 sebagai Colegio de Nuestra Señora de Santisimo Rosario dan memperoleh gelar universitas pada tahun 1645. Universitas ini umumnya diakui sebagai lembaga pendidikan di Filipina dengan piagam universitas tertua yang masih ada. Pengakuan pemerintah terbukti sejak era penjajahan Amerika Serikat ketika pada tahun 1935 pemerintah Persemakmuran Filipina melalui Komite Riset dan Penanda Sejarah menyatakan bahwa UST adalah "universitas tertua di bawah bendera Amerika Serikat".[5] Pada dasawarsa 1990-an, Intramuros Administration memasang penanda di situs asli Universitas Santo Tomas dengan pengakuan bahwa universitas tersebut adalah "universitas tertua di Asia".[6] Pada tahun 2011, Universitas Santo Tomas merayakan Hari Jadi ke-400 tahun.
Klaim oleh Universitas San Carlos (USC)
Berbeda dengan Universitas Santo Tomas yang memiliki tanggal pendirian yang tak terbantahkan, tahun pendirian sebenarnya dari Universitas San Carlos (USC) telah menjadi subyek dari beberapa perdebatan. Bertentangan dengan posisi Universitas Santo Tomas (UST), klaim oleh USC bahwa itu lebih tua 16 tahun dengan menelusuri akarnya ke Colegio de San Ildefonso (didirikan pada tahun 1595).[7] Menurut klaim universitas, USC menelusuri akarnya ke Colegio de San Ildefonso yang didirikan oleh tiga misionaris Yesuit Spanyol bernama Antonio Sedeno, Pedro Chirino, dan Antonio Pereira pada tanggal 1 Agustus 1595. Lembaga pendidikan itu ditutup pada 1769 saat pengusiran kaum Yesuit. Pada tahun 1783, Uskup Mateo Joaquin de Arevalo memprakarsai pembukaan Colegio-Seminario de San Carlos. Pada tahun 1852, pengelolaan perguruan tinggi dipercayakan kepada para imam Katolik Ordo Dominikana, kemudian digantikan pada tahun 1867 oleh para Romo Vinsensiana, kemudian pada tahun 1935 oleh Societas Verbi Divini atau Serikat Sabda Allah (SVD). Colegio de San Carlos (CSC) diberikan piagam universitasnya pada tahun 1948, dan pada tahun 1995 merayakan Hari Jadi ke-400 tahun.[8]
Klaim oleh Seminari San Jose
Seminari San Jose di Loyola Heights, Kota Quezon tidak secara langsung mengklaim gelar "tertua", meskipun pihak seminari menelusuri asal-usul dari Colegio de San Jose, yang didirikan pada tahun 1601 oleh kaum Yesuit.[9]
Santo Tomas sebagai universitas tertua di Asia
Banyak cendekiawan dan badan resmi pemerintah telah meninjau permasalahan ini. Menurut Dr. Victor Torres dari Universitas De La Salle, klaim oleh Universitas San Carlos (USC) berasal dari tahun 1948 hanya ketika USC dinyatakan sebagai universitas.[8]Fidel Villarroel dari Universitas Santo Tomas berpendapat bahwa USC hanya mengambil alih fasilitas bekas Colegio de San Ildefonso dan tidak ada hubungan yang 'terlihat' dan 'jelas' antara USC and San Ildefonso.[10] Menurut Fr. Aloysius Cartagenas, seorang guru besar dari Seminario Mayor de San Carlos di Kota Cebu, "mengikuti tradisi Gereja, acara pendirian dan tanggal Universitas San Carlos harus menjadi keputusan Uskup Romualdo Jimeno pada tanggal 15 Mei 1867 (menyerahkan seminari kepada Kongregasi Misi) dan hari pertama kelas-kelas dalam sejarah yang sekarang disebut USC adalah tanggal 1 Juli 1867, hari ketika P. Jose Casarramona menyambut para siswa awam pertama untuk menghadiri kelas-kelas di Seminario de San Carlos".[11] Demikianlah, dia mengatakan bahwa San Carlos tidak dapat mengklaim sebagai keturunan atau penerus langsung dari Colegio de San Ildefonso yang didirikan oleh kaum Yesuit pada tahun 1595, meskipun mengambil alih fasilitas yang terakhir ketika Jesuit diusir oleh Pemerintah Spanyol pada tahun 1769. Menurutnya, "tidak ada hubungan yang terlihat dan jelas" antara Colegio de San Ildefonso dan USC. San Carlos secara khusus untuk pelatihan para imam kepausan, dan itu hanya mengambil alih fasilitas yang sebelumnya, sebuah rumah pusat Yesuit dengan sekolah harian yang terpasang.
Pada tahun 2011, Paus Benediktus XVI mengakui Universitas Santo Tomas sebagai "lembaga pendidikan tinggi Katolik tertua di Timur Jauh".[13]
Melengkapi pernyataan sebelumnya, Komisi Sejarah Nasional Filipina pada tahun 2012 pada tahun 2012 menerbitkan sebuah artikel di situs webnya yang mengakui Universitas Santo Tomas sebagai "Universitas Tertua di Asia".[14] Hal ini semakin mengukuhkan gelar Universitas Santo Tomas sebagai universitas tertua yang masih ada di Filipina dan di Asia.
