Ontogeni (atau ontogenesis, morfogenesis) mendeskripsikan asal usul dan perkembangan organisme sejak dari teluryang dibuahi ke bentuk dewasanya.
Ontogeni dipelajari dalam biologi perkembangan dan dikaitkan oleh Ernst Haeckel dengan filogeni. Gagasan dalam teori rekapitulasi dari Haeckel, bahwa perkembangan organisme mencerminkan perkembangan evolusioner dari spesies (filogeni), kini tak lagi dianggap benar. Namun, gagasan yang diterima sekarang adalah bahwa perkembangan embrio (ontologis) merepresentasikan bentuk embrio dari organisme moyang evolusionernya.
