Ia terpilih sebagai tsar Rusia dengan suara bulat oleh majelis nasional pada 21 Februari1613, tetapi tak sampai 24 Maret delegasi dewan menemukan sang tsar muda dan ibundanya di Biara Ipatiev dekat Kostroma. Awalnya Martha memprotes putranya terlalu muda dan menuntutnya begitu sulit dalam masa-masa sulit itu. Namun akhirnya Mikhail setuju naik tahta, tetapi tak sampai boyar itu menangis menyatakan bahwa ia tetap menolak mereka akan bertanggung jawab pada Tuhan atas khancuran Rusia.
Dalam keadaan bobrok itu penting bagi Mikhail menunggu beberapa minggu di biara Troitsa, 75 mil, sebelum pertolongan yang layak disediakan buatnya di Moskow. Ia dimahkotai pada 22 Juli. Tugas pertama tsar baru adalah membersihkan negerinya dari para perampok yang merajalela. Swedia dan Polandia berturut-turut berhadapan dengannya dalam perdamaian Stolbovo (17 Februari1617) dan Gencatan Senjata Deulino (1 Desember1618). Akibat terpenting Gencatan Senjata Deulino adalah kembalinya ayah tsar dari pembuangan, yang untuk selanjutnya mengambil alih pemerintahan hingga mangkat pada Oktober 1633, Mikhail tetap dalam bayang-bayang ayahnya.
Tsar Mikhail menderita luka kaki berlanjut (aakibat kecelakaan kuda di awal hidupnya), yang membuatnya tak bisa berjalan hingga akhir hayatnya. Ia adalah pangeran yang lemah lembut dan alim yang tak banyak bermasalah ke setiap orang dan tak menonjolkan diri di belakang penasihatnya. Terkadang mereka relatif ramah dan orang-orang yang sanggup seperti ayahnya; kadang-kadang mereka disuap dan fanatik, seperti kerabat Saltykov dari ibundanya. Ia menikah 2 kali, pertama dengan Putri Maria Vladimirovna Dolgorukova (1624) yang meninggal 4 bulan setelah menikah, dan kemudian dengan Eudoksia Streshneva (1608–45), yang memberinya 10 anak. Kegagalan Mikhail menikahkan puterindanya Irene dengan Pangeran Valdemar of Denmark, karena menolak menyetujui Keortodoksan, menyebabkannya dirundung duka hingga mangkat pada 12 Juli1645.