Wilayah Jatiwaringin pada awalnya merupakan bagian dari Gereja Santa Anna, Duren Sawit. Pada Oktober 1988, mulai dilakukan diskusi untuk mendirikan gereja di wilayah Jatibening. Pembelian tanah kemudian mulai berlangsung pada 26 Agustus 1989 yang diikuti dengan pembentukan Panitia Pembangunan Gereja.
Pada 28 Desember 1991, Uskup Agung Jakarta, Leo Soekoto, S.J. menunjuk R.D. F.X. Pranateseputra untuk mengelola Wisma Leo di kawasan Jatiwaringin sekaligus merintis pembangunan paroki baru di Jatibening. Dewan Paroki Duren Sawit kemudian meningkatkan status Jatibening menjadi Stasi Santa Angela Jatibening. Status stasi kembali ditingkatkan menjadi paroki pada 14 Oktober 1992 dengan menggunakan tenda di kawasan Susteran FCJM.
Pada 17 September 1996, terjadi pembakaran gedung gereja. Umat kemudian beribadat dengan mendirikan tenda di kompleks Kodam Jatiwaringin. Reksa pastoral Gereja Santo Leo Agung yang awalnya dipegang oleh para imam diosesan Keuskupan Agung Jakarta kemudian beralih kepada tarekat Kongregasi Sang Penebus Mahakudus.
Gedung gereja kemudian dibangun. Surat Izin Prinsip dan Izin Mendirikan Bangunan masing-masing terbit pada 11 April dan 28 Juli 2016.[1] Pemancangan tiang pertama berlangsung pada 14 Agustus 2016.[2] Gereja tersebut diberkati pada 9 Desember 2018, oleh Uskup Agung Jakarta, Ignatius Suharyo.[3] Pada 25 Mei 2024, Kardinal Suharyo memberkati Gua Maria Bunda Sang Penebus dalam rangka kunjungannya sekaligus menerimakan Sakramen Penguatan di Gereja Santo Leo Agung.[4]