2002年7月11日,佩雷吉尔岛危机(英语:Perejil Island crisis)爆发。摩洛哥皇家海軍士兵占领了北非海岸外无人居住的佩雷希爾島。6天后,西班牙发起了 "罗密欧-塞拉行动",西班牙军队的28名特别行动小组成员驱逐了当时在岛上的6名摩洛哥士兵並控制了该岛。兩國外交关系直到2003年1月才得以恢复。那年7月,摩洛哥抱怨西班牙在担任联合国安全理事会轮值主席期間在西撒哈拉问题上沒有恪守中立。10月,西班牙因佩雷吉尔危机而暂停向摩洛哥出售武器。西班牙首相何塞·路易斯·罗德里格斯·萨帕特罗于2004年4月访问了摩洛哥,西班牙国王胡安·卡洛斯一世于2005年1月访问摩洛哥。在这两次访问中,兩國發表联合声明呼吁通过谈判解决西撒哈拉问题。然而西班牙首相于2006年1月以及西班牙國王君主于2007年11月对休达和梅利利亚的访问再次使两国关系出現倒退[1]。