除了重新發現巴洛克的夾琴方式,庫伊肯參看了大量巴赫時代的文獻,認為當巴赫提到“Violoncello”這個詞的時候,指的不是現代放在兩腿之間演奏的大提琴,而是放在肩膀上演奏的肩式大提琴(英语:Cello da spalla)。2004年,庫伊肯跟他的學生制琴家德米特里·巴迪亚罗夫(德语:Dmitry Badiarov)一起复原了肩式大提琴,並且在2008年錄了巴赫《无伴奏大提琴组曲》。不僅如此,他還將這種肩式提琴用在其他巴赫、維瓦尔第的作品中,最有名的就是他巴赫的《布蘭登堡協奏曲》,維瓦尔弟的《四季》以及大提琴協奏曲的錄音。
2000年之後,庫伊肯開始採納「一人一聲部(英语:One voice per part)」(one voice per part,OVPP)理論[註 2]。庫伊肯表示,他第一次聽到這個理論時,也認為毫無道理。但在詳細察看了巴赫當時寫給教堂他需要的演唱孩童人數後以及編制後,認為OVPP理論真實反應了巴赫當時的編制架構,並且依據這個理論,重新錄製了他的大部分巴赫清唱劇以及受難曲作品。