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本列表記載由日下秀憲原作、真斗(前期)和山本智(現任)作畫,改編自《寶可夢》電玩系列的漫畫《寶可夢特別篇》中登場的人物。
「圖鑑持有人」是指由各地區的寶可夢權威博士經由直接或因緣際會下獲得認可而被授予「寶可夢圖鑑」的訓練家,同時也是本作的主角群。
截自第十五章,一共有二十三位圖鑑持有人,並且根據其主要來自的地區和持有的圖鑑版本,可分為八組。
《神奇寶貝特別篇》中代表關渡地區的館主們,因寶可夢早期對於反派組織火箭隊沒有所謂幹部成員設定的關係,也就因此將關都八個道館館主劃分為對抗邪惡組織火箭隊的正派館主及身為火箭隊幹部成員的反派館主。但在火箭隊一度被瓦解下,除了身為火箭隊領袖的坂木失去蹤跡外,其他反派館主都脫離火箭隊。
《神奇寶貝特別篇》中代表成都地區的館主們
關都四天王是《黃》的反派,《神奇寶貝特別篇》是精靈寶可夢系列中極少數將四天王設定為反派組織的作品。在《黃》之後,四天王仍舊是主角要挑戰的目標,但並不屬於反派組織。關都四天王的目標是創造出神奇寶貝世界。除了厲害的訓練家之外,不留下任何人類。他們是民間組成的四天王,非聯盟正式成立。
《神奇寶貝特別篇》中城都四天王
在《神奇寶貝特別篇》中,火箭隊的名稱被設定成一句口號的縮寫,該口號為「Raid On the City, Knock out, Evil Tusks.」(襲擊各大城市吧,我邪惡的爪牙們!),取首字拼成「ROCKET」(火箭)。火箭隊由坂木領軍,除了遊戲中的四位幹部以外,另原創了三獸士做為首領坂木的親衛隊。在第一章中,馬志士、阿桔、娜姿這三個道館館主是他旗下的成員,館主夏伯原本也是火箭隊旗下的科學家,但後來退出了。火箭隊的宗旨是所有的神奇寶貝都是為了火箭隊而服務。
柳伯是卡吉練功場場主,擅長冰系神奇寶貝,他因為以前的過錯,造成小乘龍失去雙親,為了彌補過錯,所以需要具有時空移轉能力的雪拉比以回到過去,因而進行龐大的計劃。他戴上面具成為「戴面具的男子」,透過鳳王抓來六個有天份的孩子並訓練他們,讓他們協助自己的時空旅行計劃。
三獸士是特別篇原創的三位火箭隊幹部,在坂木離開後,三獸士之中的查克拉企圖將火箭隊佔為己有,但四將軍認為不遵循坂木理想的人不配成為火箭隊首領,因而阻止查克拉。
火岩隊和水艦隊是兩支在豐緣地方的組織,他們各自的目標是擴大陸地和海洋的面積。兩個組織的規模相差甚大,火岩隊規模較小、水艦隊的首領則是電視台老闆,因而可以掌控媒體掩蓋消息。兩個組織的領導者在海底試圖控制紅色寶珠和藍色寶珠,在失去掌控後、固拉多與蓋歐卡引發了衝突使得世界為之震盪。
神奧地區的犯罪組織銀河隊的目標是創造新世界,領導者赤日被戴亞、帕爾和普蘭汀娜擊敗後進入了反轉世界,銀河隊底下的科學家便成了新領導者,但其餘的指揮官仍認為他們的首領只有赤日一人,因此試圖找到他。在反轉世界中,赤日發現自己的目標只是一場空,便下令解散了銀河隊。
電漿隊認為神奇寶貝只有脫離人類的掌控才是最好的,他們的領導者N像王一樣受成員尊敬,然而事實上、N受到他的養父、組織的幕後策劃者蓋奇斯的洗腦。蓋奇斯的目的並非解放神奇寶貝,而是將所有神奇寶貝盡收電漿隊旗下。
閃焰隊是卡洛斯地區的組織,他們掌控媒體以掩蓋犯罪事實。首領弗拉達利的目標是啟動最終兵器。