在臺北帝國大學時期，此地是屬於農學院的林學實驗室[2][3]也就是農學教室附屬硝子室[3]。二戰後，這裡則曾經作為臺灣大學教職員的宿舍區[2]。1954年，中美共同防禦條約簽訂，之後美軍協防台灣司令部成立，將第十三航空隊下屬部隊調遣至臺灣。由於公館蟾蜍山一帶就有中華民國空軍作戰司令部（今天的空軍作戰指揮部）[4]，第十三航空隊決定在此駐軍，但因為土地不敷使用，國防部向臺大徵收了農業試驗場園藝分場並交給美軍第十三航空隊使用。1963年10月國防部徵收土地，在園藝場搬遷後，美軍隨即開始興建房舍，並將此空軍基地命名Taipei Air Station（簡稱TAS）台北通訊站，並做為美國空軍第327航空師師部營區。其主要任務是支援中華民國空軍通訊科技方面的技術，幫助協防臺灣，同時讓美軍得以監控臺灣海峽的情況[4]。因為美軍有上教堂做禮拜的習慣，因此美軍在興建房舍的同時也設立了這座小教堂[2][3]。1975年美軍撤防，國防部接手使用，此處是國防部公館營區，駐有聯合作戰訓練部、史政編譯局、軍法局、示範樂隊、汽車中隊、憲兵連。而這座教堂則作為營區的福利社，販賣一些小東西[5][6]。
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