耶鲁大学最初的学术动机是神学教育。1701年耶鲁学院成立时,是用来为康涅狄克殖民地培训公理会神职人员的。学校章程是“在全能神的祝福下教授文理,为教会和世俗公共职业培养称职人才”。1817年,神学主任Eleazar T. Fitch对学生的神学课程要求表示支持,5年后,耶鲁公司成立了一所独立的耶鲁神学院[3]。[4]与此同时,第二次大觉醒神学家纳撒尼尔·威廉·泰勒被任命为第一位教导神学德怀特教授(Dwight Professor of Didactic Theology)。[5]泰勒被认为是建立学校的“中心人物”;1826年,神圣语言学家Josiah Willard Gibbs, Sr.加入;1839年,词典编纂Chauncey A. Goodrich加入。[5]1836年,神学院学生专用宿舍在老校区完工,但直到美国内战结束数年后才有了教室和办公室。
经历了一段时间的生源走低,学校从校友那里募资,支持教职人员和设施[5]1869-1871年,神学大堂在如今卡尔霍恩学院的位置建成,有两个教室走廊,一个教堂。[5]新校园迎来了新教师,有James M. Hoppin、George Edward Day、George Park Fisher、莱昂纳多·培根。[5]1867年,第一个神学学士学位授予学生。1869年,神学部成为了独立的神学院。[4]学校最初仍在老校区,1929年,新校舍在大学城北角的Prospect Hill顶建成。