1298年7月2日，阿道夫一世与阿尔布雷希特一世的军队在格尔海姆战役（英语：Battle of Göllheim）中决战，结果前者战败被杀，后者则于25天后被选为德意志国王。1301年，在权力斗争中押错宝的哥哥鲁道夫遭其母亲和舅舅逼宫迫使其同意与弟弟路易分享上巴伐利亚的统治权，舅舅阿尔布雷希特一世甚至派兵围困鲁道夫领地的都城海德堡逼其就范。阿尔布雷希特一世于1308年5月1日被侄子士瓦本的约翰（英语：John Parricida）暗杀后，尽管鲁道夫和路易兄弟二人都希望能继承王位，但最终包括哥哥鲁道夫本人在内的七位选帝候中的六位推选了各方均可接受的妥协人选——卢森堡家族的亨利七世为德意志国王（1312年加冕为神圣罗马帝国皇帝）。1310年兄弟俩的堂兄下巴伐利亚公爵施特凡一世去世后，兄弟二人之间的矛盾升级为内战。1313年6月21日两人在慕尼黑达成和解，哥哥保有原有领地和选帝候资格，但承诺在在下一届国王选举中支持弟弟。两个月后亨利七世在远征意大利期间感染疟疾去世，但在次年10月份的选举中，哥哥鲁道夫未信守承诺，将选票投给了奥地利和施蒂利亚公爵腓特烈三世。作为阿尔布雷希特一世的次子，腓特烈三世也是兄弟俩的表弟。
为了报复哥哥鲁道夫支持自己的死对头，路易四世于1314-17年出兵进攻哥哥鲁道夫在上巴伐利亚和莱茵-普法尔茨的领地，并迫使后者于1317年将全部领地让给前者。公元1329年，维特尔斯巴赫家族正式分成了长幼两个分支。根据当年签订的帕维亚条约（英语：Treaty of Pavia (1329)），出自该家族的神圣罗马帝国皇帝路易四世将莱茵-普法尔茨连同巴伐利亚境内的上普法尔茨归还给其长兄鲁道夫一世的次子、第三子和长孙莱茵-普法尔茨伯爵魯道夫二世、普法尔茨选帝候魯普雷希特一世、魯普雷希特二世。鲁道夫一世的后代即家族的长支，亦称为普法尔茨支（因莱茵-普法尔茨和上巴伐利亚都是普法尔茨领地），1356年金玺诏书（拉丁文：Bulla aurea）确认莱茵-普法尔茨伯爵为神圣罗马帝国的七大选帝侯之一。路易四世自己的后代即家族幼支（亦称巴伐利亚支）继续拥有巴伐利亚公国（1340年路易四世收回下巴伐利亚后重新统一），但巴伐利亚公爵不具有选帝侯资格。这不仅是为了防止同一个家族在决定皇帝宝座归属的选举中拥有两票，更是时任神圣罗马帝国皇帝、来自卢森堡家族的查理四世借以打击其前任皇帝同时也是其政治对手的路易四世的手段。公元1777年因幼支绝后，长支重新返回巴伐利亚统治直到一战结束。
幼支在巴伐利亚的统治一直维持到1777年。尽管家族于1329年分裂为长幼两支，但幼支的祖先、神圣罗马帝国皇帝路易四世在位时通过一系列的政治联姻安排在巴伐利亚以外地区获得了大片领地：1323年获得勃兰登堡，1342年获得蒂罗尔，1345年获得荷兰伯爵国、泽兰和埃诺。1347年路易四世去世后，他的六个儿子分别继承了这些领地和巴伐利亚公国。但好景不长，这些领地在路易四世死后陆续丧失。首先是路易四世的长孙、上巴伐利亚公爵和蒂罗尔伯爵迈恩哈德三世于1363年去世后无嗣，其叔叔、路易四世次子巴伐利亚公爵斯蒂芬二世出兵占领上巴伐利亚并入侵蒂罗尔。为保住其家族世袭领地，迈恩哈德三世之母、蒂罗尔女伯爵玛格丽特（英语：Margaret, Countess of Tyrol）与儿子的内兄、哈布斯堡家族的奥地利公爵鲁道夫四世达成协议，由后者继承蒂罗尔伯爵，从而将蒂罗尔并入奥地利。
最终，斯蒂芬二世与鲁道夫四世之弟、奥地利公爵阿尔布雷希特三世于1369年签订谢尔丁和约，正式放弃对于蒂罗尔的声索并获得一大笔金钱作为补偿。其次是1373年，路易四世幼子巴伐利亚公爵奥托五世作为维特尔斯巴赫家族的最后一位勃兰登堡选帝候（史称奥托七世）辞去了勃兰登堡侯爵的爵位，将领地拱手让给其岳父、卢森堡家族的神圣罗马帝国皇帝查理四世（他于1366年娶了查理四世的女儿、鲁道夫四世的遗孀波希米亚的凯瑟琳（英语：Catherine of Bohemia））。作为补偿，查理四世支付了女婿50万金币，并保留其选帝候名号直到后者1379年去世。尽管查理四世于1371年以奥托五世怠政为由出兵占领勃兰登堡是导致后者辞职的直接原因，但事实上奥托五世及其前任、路易四世第三子巴伐利亞公爵路易六世（1351–1365年任勃兰登堡选帝候，史称路易二世）早在1364年就承诺将领地让给查理四世，以报复他们的兄长斯蒂芬二世在侄子迈恩哈德三世前一年去世后侵占其领地的行为。他们担心，由于他们都没有子嗣，自己死后斯蒂芬二世也会派兵攻占勃兰登堡。最后是1404年，路易四世第五子、巴伐利亚公爵阿尔布雷希特一世去世后，荷兰-泽兰伯爵国和埃诺伯爵国由长子巴伐利亚公爵威尔汉姆二世继承，而第三子巴伐利亚公爵约翰三世则成为首任列日主教（1389–1418年在位）。
然而，哈布斯堡家族幼支的神圣罗马帝国皇帝利奥波德一世对此提出异议，认为应该由他的次子查理继承西班牙王位，西班牙王位继承战争（1701-14年）随即爆发。得到英国、荷兰共和国、葡萄牙、萨伏伊公国和大部分德意志诸侯支持的查理于1705年抵达西班牙（有效统治区域仅限于加泰罗尼亚地区），直到1711年其兄神圣罗马帝国皇帝约瑟夫一世去世后才回到奥地利。早在查理动身前的1703年，为防止重蹈长支的覆辙，神圣罗马帝国皇帝利奥波德一世和他的两个儿子约瑟夫和查理，即未来的神圣罗马皇帝约瑟夫一世和查理六世订立了《相互继承协约（英语：Mutual Pact of Succession）》，规定：查理获得对西班牙的声索权，约瑟夫则继承除西班牙之外的哈布斯堡家族领地。两兄弟死后应由各自的合法男嗣继承，如果一方没有合法男嗣，则由另一方继承。如果两方都没有合法男嗣，则两人的合法女嗣也获得继承资格，但哥哥约瑟夫的女儿比弟弟查理的女儿有优先继承权。换句话说，如果两兄弟都没有合法男嗣，则哥哥约瑟夫的的女儿将继承哈布斯堡家族的所有领地。
然而，西班牙王位继承战争的结果是尽管统治奥地利的哈布斯堡家族幼支从西班牙手里获得了西属尼德兰、那不勒斯王国、撒丁岛和大部分的米兰公国等原属哈布斯堡家族长支的领地，但也被迫承认了波旁王朝对西班牙的统治。1705年利奥波德一世去世后，哥哥约瑟夫继位为约瑟夫一世；1711年约瑟夫一世去世后没有男嗣，弟弟查理根据《相互继承协约》继位为查理六世。其次，由于查理六世也没有男嗣，这意味着约瑟夫一世的两个女儿只要能活得比他久，就将在他死后继承哈布斯堡家族的世袭领地。为了能把手中的权力传给自己的女儿而不是侄女，查理六世于1713年4月19日颁布《国本诏书（英语：Pragmatic Sanction of 1713）》，撕毁十年前订立的《相互继承协约》，将优先继承权从他两个侄女转到自己女儿手中。颇具讽刺意味的是，1708年8月结婚的查理六世在1713年时还没有当父亲，既没有儿子也没有女儿，他的第一个孩子要到三年后才诞生。
从1713年到其去世的1740年，查理六世都在为《国事诏书》得到欧洲各列强承认而奔走游说，并对各列强做出了一系列的利益让步。各列强获得好处后表面上都表示承认《国本诏书》，只有萨克森和巴伐利亚拒绝承认，原因是萨克森选帝候和巴伐利亚选帝候分别娶了查理六世的两个侄女。1740年查理六世死后，各列强纷纷变脸，转而拒绝承认《国本诏书》并出兵干涉，爆发了奥地利王位继承战争（1740-48年）。1742年1月，德意志各诸侯一致选举约瑟夫一世二女儿玛利亚-阿玛莉亚（英语：Maria Amalia of Austria）的丈夫、巴伐利亚选帝候卡尔·阿尔布雷希特为神圣罗马帝国皇帝查理七世。查理七世能当选皇帝主要是普鲁士、巴伐利亚、萨克森（1743年改与奥地利结盟）三大德意志诸侯以及波旁王朝的法国和西班牙等国以反对查理六世撕毁1703年订立的《相互继承协约》为借口打击哈布斯堡家族的政治产物，以至于他当选皇帝的同时奥军正猛攻巴伐利亚，且首都慕尼黑在他加冕为皇帝的次日陷落。
詹姆士一世起先曾考虑把长女嫁给法王路易十三，但因法国是天主教国家只能作罢；还有其他一些欧洲其他国家的王公有意娶伊丽莎白·斯图亚特为妻，其中包括当时还是瑞典王子的古斯塔夫二世·阿道夫。最后，腓特烈五世被选中，因为普法尔茨选侯国是德意志新教诸侯的首领，而且尽管伊丽莎白·斯图亚特的生母安妮王后反对这门婚事，认为一国公主不该屈尊下嫁一个选帝候，但腓特烈五世得到了伊丽莎白·斯图亚特本人及其长兄威尔士亲王亨利的认可。为迎接新婚妻子，同时也作为婚姻协议的一部分，腓特烈五世立即着手扩建选帝候宅邸海德堡城堡（新建了动物园、伊丽莎白拱门、在城堡的西南侧新建了一个剧院，在那里莎士比亚的戏剧首次在德国境内上演）并新建了由曾任伊丽莎白·斯图亚特私人教师的法国建筑师、胡格诺教徒所罗门·德·高斯（英语：Salomon de Caus）设计的，当时在英国流行的，巴洛克式意大利文艺复兴风格的海德堡城堡花园（英语：Hortus Palatinus）（拉丁文：Hortus Palatinus），使之成为阿尔卑斯山以北最重要的文艺复兴建筑之一。整个工程一直持续到1619年，因三十年战争爆发而未能完工。
哈布斯堡家族的时任神圣罗马帝国皇帝鲁道夫二世对该领地有合法声索权，因为约翰-威廉的外公和鲁道夫二世的爷爷都是神圣罗马帝国皇帝斐迪南一世。但是作为皇帝，鲁道夫二世在政治上需要保持中立，因此无法公开要求其声索权。尽管除鲁道夫二世外还有六位声索者，但其中最有机会的是约翰-威廉大姐的女儿普魯士的安娜（她丈夫是勃兰登堡选帝候约翰-西吉斯蒙德）和约翰-威廉二姐的儿子诺伊堡的普法尔茨伯爵沃夫岡·威廉。当时这两个声索者都是新教徒。约翰-威廉死后不久，其妻洛林的安托瓦内特（法语：Antoinette de Lorraine）和一干枢密院成员与皇帝的钦差等人组成了摄政机构，鲁道夫二世则随后宣布帝國法院（德文：Reichshofrat）将在四周内对最终归属权作出裁决。这被两位新教徒声索者看作是鲁道夫二世所代表的天主教势力企图吞并该公国的举动，于是勃兰登堡候国和普法尔茨-诺伊堡伯爵国于1609年6月在多特蒙德缔结盟约，宣布不承认除两人外的所有其他声索者，并组成联合政府。
两国联军则公然无视皇帝权威，开入该公国境内。火上浇油的是，哈布斯堡家族的死敌、波旁王朝的法王亨利四世和荷兰共和国次年初分别派出两万多人的军队支援新教联军，以期彻底切断西班牙军道。不料亨利四世于当年5月14日遇刺身亡，而天主教各诸侯也害怕战争由小规模冲突升级为大规模宗教战争而拒绝参战，才避免战争进一步扩大。皇帝把公国完整地封给萨克森公爵克里斯蒂安二世的决定在1610年5月在布拉格召开的会议上被否决，而联军虽然军事占领了公国，但财力耗尽且得不到各方势力的承认。1612年6月鲁道夫二世之弟、新任神圣罗马帝国皇帝马蒂亚斯即位后确认了把公国封给萨克森的决定，导致形式再次紧张，但由于西吉斯蒙德改信加尔文宗而沃尔夫冈-威廉皈依天主教，勃兰登堡候国和普法尔茨-诺伊堡伯爵国在1614年初时已经断绝了官方往来。因此，当年5月战端重开的时候，前者与其大金主荷兰共和国并肩作战，后者则协助人称“伟大将领”（西班牙文：El Gran Capitán）的热那亚人安布罗西奥·斯皮诺拉侯爵麾下的西班牙军队。同年10月交战双方在英法调停下开始和谈并于次月签订克桑滕条约，条约规定普法尔茨-诺伊堡伯爵国获得于利希和贝尔格两公国，以及位于今荷兰南部的拉文施泰因；克莱沃公国和拉文斯贝格伯国则归勃兰登堡候国所有。西班牙通过这一领土分割协议获得了62个城镇和三个莱茵河渡口，使得西班牙军道附近的军事态势有利于西班牙而不利于荷兰共和国。
1621年1月21日，斐迪南二世宣布没收腓特烈五世在神圣罗马帝国境内的贵族头衔和世袭领地，同年5月，在皇帝的要求下，新教诸侯联盟宣告解散。1622年5-6月间，腓特烈五世的军队接连失利；7月23日，帝国和西班牙联军开始围困海德堡，9月16日城市陷落，三天后海德堡城堡被占领，曼海姆也于同年11月5日失守。海德堡的新教教堂和海德堡大学都被迫关停，举世闻名的普法尔茨图书馆（拉丁文：Bibliotheca Palatina）连同馆藏的3500本珍贵手抄典籍则被运往罗马送给教宗额我略十五世以回报其资助天主教诸侯62万吉尔德金币（一说100万达克特金币）的军费。1623年2月23日，斐迪南二世将腓特烈五世被褫夺的选帝候资格授予巴伐利亚公爵马克西米利安一世。1623年8月6日，腓特烈五世仅剩的盟友布伦瑞克-吕讷堡公爵克里斯蒂安率领的军队在施塔特洛恩战役（英语：Battle of Stadtlohn）中被蒂利伯爵统帅的帝国军队摧毁。
10月24日，法军进占海德堡。由于莱茵-普法尔茨是法军开往德意志各战场的必经之路，且为了防止正集结军队的北德各诸侯（勃兰登堡、萨克森、汉诺威、黑森-卡塞尔）和正从与奥斯曼帝国作战的巴尔干前线回师的南德各诸侯（巴伐利亚、士瓦本地区各侯国和弗兰肯地区各侯国）以此为跳板进攻法国本土，法军决定系统性地破坏莱茵-普法尔茨境内所有的军事要塞，并誓言将此地化為一片废墟（法文：Brûlez le Palatinat!（法语：Sac du Palatinat））。路易十四的战争大臣（相当于今天的国防部长）卢福瓦侯爵在1688年12月20日前就拟定了一份详细的清单，里面列明了要摧毁的城市，城镇、村庄、城堡、教堂、桥梁等。法军还破坏庄稼、偷走或屠宰牲口、赶走居民，彻底实行焦土政策。1689年2月16日，法军开始破坏海德堡城堡；3月2日法军撤离之际，用火药炸毁城堡的防御塔并纵火焚烧城堡，部分城区也被烧毁。六天后曼海姆被夷为平地，沃尔姆斯和施派尔也分别于5月31日6月1日蒙难。虽然菲利普-威廉的儿子普法尔茨选帝候约翰-威廉于1690年继位后修复了被毁坏的防御塔和围墙，但法军于1693年5月22日再次攻占海德堡并于次日进入城堡，这次他们有备而来，用地雷将城堡的防御设施悉数炸毁，城区也遭受大面积毁坏。遭同样厄运的还有莱茵-普法尔茨相邻的巴登侯国和符腾堡公国。
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