約翰二世·梅加斯·科穆寧（希臘語：Ιωάννης Β΄ Μέγας Κομνηνός，拉丁化：Iōannēs II Megas Komnēnos，約1262年－1297年8月16日），是特拉比松帝國的皇帝（1280年－1284年，1285年－1297年8月16日在位）。他是曼努埃尔一世和伊琳娜·辛瑞娜（英语：Irene Syrikaina）的第三個兒子。
1280年，其兄喬治因密謀殺人而被囚禁，因此家中最年長的弟弟繼位為新的皇帝，是為約翰二世。1284年曾一度被推翻，而身為格魯吉亞皇后的姊姊狄奧多拉繼位。幸運的是，翌年狄奧多拉被迫退位。因此約翰得以再次登上皇位。1297年8月16日，約翰二世逝世，其子阿歷克塞二世成為新任皇帝。
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