紫玉兰最初是由德国人恩格尔贝特·肯普弗於1712年发表了描述和绘图,之後由英国人约瑟夫·班克斯(Joseph Banks)於1791年重新发表。1779年,法国人Pierre Joseph Buc'hoz以3年前的一张中国国画辛夷为模式发表了学名Lassonia quinquepeta,但由於不是合格发表,被当时和现在的大部分学者所不承认。1792年,法国生物学家Louis Auguste Joseph Desrousseaux科学的描述了紫玉兰,并为其命名Magnolia liliiflora,意为“如百合花的木兰”。1839年,法国人Édouard Spach合格建立玉兰属(Yulania),并将紫玉兰与玉兰、日本辛夷划入这个属,但当时紫玉兰的学名是Yulania japonica Spach var. purpurea (Curtis) Spach,并不是现在的正式学名。1934年,木兰科权威分类学家James E. Dandy将本种正式划入木兰属(Magnolia),同时承认并启用了Magnolia quinquepeta,但在1950年将Magnolia quinquepeta作为目前所用学名的异名。但从1976年起,S. A. Spongberg和其他一些学者仍然使用Magnolia quinquepeta,直到1987年Frederick G. Meyer和Elizabeth McClintock指出Buc'hoz绘图中的多处错误并将Magnolia liliiflora作为正式学名沿用至今,并提议将恩格尔伯特·肯普费的绘图作为模式使用。[4][5]不过,由於木兰属是一个因性状趋同演化而建立的多系群,而且玉兰亚属与木兰亚属(Subg. Magnolia)的亲缘关系较远,部分学者支持将玉兰亚属独立成玉兰属,并将紫玉兰的学名定为Yulania liliiflora (Desr.) D.L.Fu[6]。
尖头木兰M. acuminata × 紫玉兰 M. liliiflora = M. × brooklynensis:1954年由Evamaria Sperber在布鲁克林植物园(Brooklyn Botanic Garden)培育。
滇藏木兰M. campbellii × 紫玉兰 M. liliiflora = M. 'Pat's Delight'、'Red Lion'、'Star Wars':1990年代由新西兰人Felix Jury培育的系列杂交种。
玉兰M. denudata × 紫玉兰 M. liliiflora = 二乔木兰M. × soulangeana
星花玉兰M. stellata × 紫玉兰 M. liliiflora = M. 'Randy'、'Pinkie'、'Ricky'、'Susan':於美国国家树木园(U.S. National Arboretum)由Francis de Vos和William F. Korsar在培育变种时偶然得到。
紫玉兰 M. liliiflora × 武当玉兰M. sprengeri var. 'Diva' = M. 'Spectrum':培育者William F. Korsar。
玉兰 M. denudata × 滇藏木兰 M. campbellii = 维氏玉兰M. × veitchii:耐霜,花色介於两种之间。
紫玉兰 M. liliiflora × 维氏玉兰 (M. × veitchii) = M. 'Todd Gresham':由D. Todd Gresham於1955年培育。