穆罕默德三世（鄂圖曼土耳其語：محمد ثالث，土耳其語：III. Mehmed，1566年5月26日—1603年12月22日），是奥斯曼帝国的一位蘇丹，1595年至1603年在位。
穆罕默德登位時將十六個弟弟處以絞刑，所以他在奥斯曼帝国的歷史上至今仍然惡名昭彰。他是一個懶散的蘇丹，把政府交給母親皇太后莎菲耶蘇丹管理。他任內最重大的事件是在1596年至1605年在匈牙利發生的鄂圖曼-哈布斯堡戰爭。
從本朝起，年輕的皇子不再被授予任何公職，皇子擔任各省總督的政治實習制度被廢止，皇子被圈養在後宮，成為各政治派系的棋子，由權臣決定朝政的時代開始。
穆罕默德的軍隊在1596年佔領了匈牙利境內的埃格爾，並在Mezokeresztes戰役中打敗哈布斯堡王朝和川西凡尼亞的軍隊，但穆罕默德本人在戰役中途卻曾打算逃離戰場，不過被勸阻。
在穆罕默德三世的統治時期，雖然奥斯曼帝国看來正在衰落中，卻未有重大挫折。
