台灣金門鎮總兵署 展示的舊式木造戰船。 福建水師 是清朝 隸屬綠營 的軍事組織，以順治 七年（1650年）在福建省 境內設置水師為起始，康熙朝 後，福建水師制度屢有變動，普遍而言，最高長官為福建水師提督 ，因福建水師提督駐紮福建省泉州府 同安縣 嘉禾里 ，有時亦被寫作廈門水師 [來源請求] 金門鎮 、臺灣鎮 、海壇鎮 、南澳鎮以及福寧鎮 。[ 1] :151-152 [ 2]
福建水師原為舊式水師，採用木造戰船，應付海寇所用，但在道光朝（1840年代）的鴉片戰爭 失利後，舊式木造戰船與制度面對西方列強不敷使用，清廷陸續引進西方制度改革，如推行洋務運動 等，復於光緒元年（1875年）組建的現代化西式海軍 ，原福建水師也改組成福建船政水師 。[ 3] [ 1] :334-335 [ 4] :173-176
1875年 Thomas Milner 繪製的清帝國漢地十八省 疆域圖。 大清帝國版圖約略分為「藩部 」與「漢地十八省 」，後者約同於明帝國 舊有版圖，居民以漢族 為主，清代沿用明制將漢地行政區分為十八省。而清代在漢地的軍事制度則是參考明代邊防的衛所兵制 ，另加改編，由於清代地方軍以「營」為基本單位，又以「綠旗」為幟，故泛稱「綠營」。[ 5] [ 2] [ 6]
清廷將漢地十八省境內另劃出十一個軍區，一個軍區橫跨一到三個省不等，軍區的最軍政高長官為「總督 」，但有些以省的長官「巡撫 」來兼領，以上總督與巡撫皆為文官，不能直接率領綠營的軍隊作戰，一個軍區中綠營最高武官為「提督 」，提督雖然能直接指揮綠營作戰，但平時受到文官總督、巡撫的箝制，此外提督也並非坐鎮軍隊的直接管理者。[ 2]
扣除軍區範圍，單就一個省份之內，「鎮」才是綠營的最高編制單位，一個省內有若干「鎮」，而「鎮」轄下又有若干「協」，「協」下設「營」，「營」下又有「汛」或「塘」；「營」為綠營軍事編制最基本建制的單位，「營」亦可直屬「鎮」管轄，不必一定要設「協」。「鎮」的最高長官為總兵官 ，「協」最高長官為副將 ；一「營」之長官，參將 、游擊 、都司 、守備 等中級軍官均可出任；「汛」的長官則可由千總 、把總 、外委千總、外委把總擔綱。[ 2] [ 5] :43-50
清代為防軍權過大、難以節制，建立「迴避制度」，但凡副將、參將以上軍官，不得在本省任職，游擊、都司不得在本籍任職，守備不得在本府任職。千總、把總等下級軍官不受本籍迴避制度所限，但如若營中士兵升任軍官，不得在舊營任職。[ 2]
此外，除了各級下屬單位之外，每個單位長官尚有直屬部隊，通稱「標」或「標營」，例如文官系統的總督有「督標」、巡撫有「撫標」（臺灣道 的道尹 也編有「道標」[ 5] :188-192 ），軍職武官陸路提督、水師提督的「提標」、總兵的「鎮標」和副將的「協標」。參將以下所屬為營，直接統率一營兵卒，不稱營標。[ 2]
福建水師提督為從一品武官，原職初設於康熙 元年（1662年），康熙七年（1668年）一度裁撤，康熙16年（1677年）復設之後，延續至光緒 30年（1904年）裁撤，是清帝國存續最長的水師提督職位，有清一朝計56任提督，有重複出任者4人，總計52人出任福建水師提督。福建水提督駐紮福建省泉州府同安縣 廈門島 ，親轄本標，即水師提標營，分為中營、左營、右營、前營、後營，共計五營的提督直屬部隊，又下轄金門鎮、臺灣鎮、海壇鎮、南澳鎮以及福寧鎮，合稱「福建水師五鎮」。[ 1] :153 [ 4] :115
福建水師五鎮隸屬綠營水師舊制，自清廷開辦水師之後，採用傳統木造戰船的戰區編組，沿用至光緒元年（1875年），此後取經西方、建立新式艦隊，改制成福建船政水師 為止。[ 1] [ 3]
台灣金門縣 的清金門鎮總兵署 ，可供一般大眾參觀。 金門鎮初設康熙19年（1680年），最高長官為總兵 ，受閩浙總督 、福建水師提督節制，總兵官駐紮於金門島 （清金門鎮總兵署 ），下轄金門鎮標三營（中營、左營、右營），但中營於康熙27年（1688年）被裁撤。金門鎮因位於福建水師提督駐紮的廈門島外海，控制進出水道，以「巡洋」任務最為首要，長期與海壇、南澳、銅山以及福建水師提標部隊進行水路會哨。道光朝後，清廷水師佈局重心轉往廣東省，金門戰略地位隨之下降。同治六年（1867年），時任閩浙總督左宗棠 奏請「裁兵加餉」政策，水陸軍隊全面調整改制，翌年金門鎮被降級，改設金門協 ，最高長官也改為副將 ，由金門鎮列管的水汛，多移撥予湄洲 提標兼轄。。[ 1] :158-160
康熙23年（1684年），清廷決議在臺灣領地設立台廈道後，便設置臺灣鎮，長官總兵賦予「掛印[ a] 臺灣府 ，受福州將軍 、閩浙總督、福建水師提督節制。臺灣在清朝時期動亂頻仍，綠營駐紮臺灣編制更動頗多，暫不一一條列[ 5] 臺灣北路協 三營（中營、左營、右營）臺灣水師協 三營（中營、左營、右營）、澎湖水師協 兩營（左營、右營）、臺灣城守營 、艋舺營 、滬尾水師營 、南路營、下淡水營、噶瑪蘭營，總計17營，駐臺兵員約一萬四千多名。[ 7] [ 1] :161-163
福建沿海與諸島嶼示意圖。 康熙19年（1680年）海壇鎮初設，最高長官為總兵，受閩浙總督、福建水師提督節制。海壇鎮總兵官駐紮於福州府 福清縣 ，下轄海壇鎮本標三營（中營、左營、右營）以及閩安水師協 。海壇鎮左、右營俱設游擊一人領銜，皆駐軍海壇島 ；閩安水師協副將與右營長官駐紮閩安鎮 （今福州市 馬尾區 亭江鎮 閩安村）、左營長官駐軍定海（今福州市連江縣 筱埕鎮 定海村）。[ 1] :161
南澳鎮初設康熙18年（1679年），最高長官為總兵，受閩浙總督、福建水師提督節制，因位處福建、廣東兩省交界，兩廣總督、廣東水師提督 亦有節制之權。南澳鎮總兵關駐紮漳州府 詔安縣 ，下轄本標左、右二營之外，尚有福建銅山營（東山島 ）、廣東澄海水師協 、海門營、達濠營。南澳鎮左、右二營管轄不同省份，左營兼中軍駐軍福建省詔安縣的深澳汛 （今廣東省汕頭市 南澳縣 深澳鎮）、南澳鎮右營則負責廣東省地界，右營大隊同駐本營，分駐深澳口、祥林灣汛、雲澳汛 。南澳鎮職責與金門鎮相仿，以外海、巡防、會哨為要務。[ 1] :163-164
福寧鎮管轄本標三營（中營、左營、右營），另轄烽火門 、桐山營、連江營、羅源營。福寧鎮原本屬於陸路系統，嘉慶 七年（1802年）改制成水師部隊，最高長官仍為總兵，受福州將軍 、閩浙總督、福建陸路提督 、福建水師提督節制。福寧鎮總兵官原駐福寧府 ，改制水師後移駐至三沙 ，左營自福安縣城 也移防三沙、右營駐寧德縣 。福寧鎮水師汛守地點有福安縣汛、東衝礟臺、白石、張灣寨、防火金堡、松山港、下滸堡、鹽田堡、領頭寨、黃土巖、東牆寨、河西寨、河東寨等汛。[ 1] :164-165
^ 清帝國的總兵「掛印」可多五面王命旗牌，可兼理民事，調派軍隊時可不必稟告總督、巡撫；清帝國共有「十鎮」設為「掛印總兵官」，分別是宣化鎮、大同鎮、延綏鎮、陝安鎮、涼州鎮、寧夏鎮、西寧鎮、肅州鎮、臺灣鎮、皖南鎮。（李其霖，2014：162）
