在1995年,薩克·查特吉(Sankar Chatterjee)在命名波斯特鱷時,將波波龍超科重新歸類於獸腳亞目恐龍[3]。薩克·查特吉更提出,波波龍超科是暴龍科的祖先。之後數年,許多三疊紀主龍類的種系發生學分析,波斯特鱷被普遍歸類於波波龍超科。直到1995年,Robert Long、Phillip A Murry提出波斯特鱷的原始化石材料是個嵌合體,化石來自於數種不同動物[2]。他們發現波斯特鱷的化石帶有波波龍、蘇牟龍的骨頭,因此被錯誤鑑定為波波龍超科。之後波斯特鱷被重新歸類到勞氏鱷科,波波龍超科則被認為不是三疊紀的獸腳類恐龍。
在2007年,Jonathan C. Weinbaum、Axel Hungerbühler首次提出波波龍超科的演化支定義。他們研究波波龍的兩個新發現標本,建立波波龍的數個新鑑定特徵,並提出種系發生學分析,將波波龍超科定義為單系群演化支;而勞氏鱷科、迅猛鱷科的演化位置較為原始,三者共同屬於副鱷形類演化支[4]。
在2010年,斯蒂芬·布魯薩特(Stephen L. Brusatte)提出大範圍的主龍類種系發生學分析,得出不同的分類位置[6]。不同於近年的大多數研究,布魯薩特認為勞氏鱷目是個單系群,而非並系群,並包含兩個小型演化支:勞氏鱷超科、波波龍超科。在這個演化樹裡,波波龍超科的範圍較大,包含數種過去不歸類於波波龍超科的物種。在這裡黔鱷是種奇特的伪鳄类,是種半水生動物,被认為是最原始的波波龍超科。[6]。但是,布魯薩特主張勞氏鱷目是單系群的證據並不夠充分。如果這個演化樹採用最大簡約法,波波龍超科將不屬於勞氏鱷目的範圍,成為鳥鱷科的姊妹分類單元。
在2011年,斯特林·奈斯比(Sterling J. Nesbitt)也提出大範圍的主龍類親緣分支分類法研究,將戲樓鱷歸類於波波龍超科,並是亞利桑那龍的最近親。在奈斯比版本裡,勞氏鱷目、勞氏鱷超科並不是單系群演化支,波波龍超科是單系群演化支。以下演化樹來自於斯特林·奈斯比版本的研究[7]︰
^(德文)Steel, R. Part 14. Saurischia. Handbuch der Paläoherpetologie. Stuttgart: Gustav Fischer Verlag. 1970: 1–87.
^ 2.02.1(英文)Long, R.A.; and Murry, P.A. Late Triassic (Carnian and Norian) tetrapods from the southwestern United States. Bulletin of the New Mexico Museum of Natural History and Science. 1995, 4: 1–245.引文使用过时参数coauthors (帮助)
^(英文)Chaterjee, S. Postosuchus, a new thecodontian reptile from the Triassic of Texas and the origin of tyrannosaurs. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 1985, 309 (1139): 395–460. doi:10.1098/rstb.1985.0092.
^(英文)Weinbaum, J.C.; and Hungerbühler, A. A revision of Poposaurus gracilis (Archosauria: Suchia) based on two new specimens from the Late Triassic of the southwestern U.S.A.. Paläontologische Zeitschrift. 2007, 81 (2): 131–145. doi:10.1007/BF02988388.引文使用过时参数coauthors (帮助)
^(英文)Sereno, P.C. Poposauridae. TaxonSearch. 2005 [12 March 2011]. (原始内容存档于2011年7月17日).