Nó nhận nước từ sông Hudson (trong lịch sử được gọi là sông Bắc khi nó chảy qua Manhattan) cũng như Kênh Gowanus. Nó nối liền với Vịnh Hạ New York qua the Narrows đến Vịnh Newark qua Kill Van Kull, và đến Vịnh Đảo Long qua sông East (có nghĩa là sông Đông nhưng dù cái tên như vậy, nó thật sự chỉ là một eo biển thủy triều). Nó làm thủy lộ chính cho nước từ sông Hudson chảy ra biển qua the Narrows. Dòng chảy của sông Hudson khi đi ngang qua bến cảng được gọi là "Anchorage Channel" và có độ sâu khoảng 50 ft tại điểm giữa bến cảng.[2]
Vịnh có một vài hòn đảo như Đảo Governors gần cửa Sông East, Đảo Ellis, Đảo Liberty, và Đảo đá Robbins có 1 hải đăng trên đó. Đảo đá này xưa kia trong lịch sử từng là một trong những thềm đất lớn nhất có ốc hàu trên thế giới.[3]
Từ thập niên 1950, các tàu chở container bị đổi hướng chính yếu đi qua Kill Van Kull đến bến "Port Newark-Elizabeth Marine Terminal" để tiện việc chuyển hàng hóa lên bờ.[4] Hậu quả là những ngành công nghiệp ở mặt tiền của Vịnh Thượng trải qua một thời kỳ suy sụp, dẫn đến các kế hoạch đa dạng được đưa ra nhằm tái phục hồi khu vực mặc dù việc sử dụng biển mang tính chất quan trọng vẫn tồn tại ở Red Hook, Brooklyn, Cảng Jersey, MOTBY, Constable Hook, và những phần gần bờ của Đảo Staten. Công viên Tiểu bang Liberty mở cửa năm 1976. Trong những năm vừa qua, nó đã trở thành một nơi phổ biến cho giải trí đi thuyền buồm và kayak.
