Có hai đơn vị vận hành tàu điện ngầm chính tại Tokyo:
Tokyo Metro – Trước đây là một công ty pháp định có tên là Cục Giao thông công cộng Nhanh Teito (TRTA), sau đó được chuyển đổi thành kabushiki gaisha (công ty cổ phần) vào năm 2004. Hiện công ty đang vận hành 180 nhà ga trên 9 tuyến và 195,0 kilômét (121,2 mi) chiều dài đường sắt.[1]
Tính đến năm 2023[cập nhật], mạng lưới tàu điện ngầm tại Tokyo, bao gồm cả Tokyo Metro và Tàu điện ngầm Toei, bao gồm 286 nhà ga và 13 tuyến, với tổng chiều dài 304,0 kilômét (188,9 mi). Hai mạng lưới Tokyo Metro và Toei kết hợp chuyên chở trung bình hơn 8 triệu hành khách mỗi ngày.[5] Mặc dù được xếp hạng thứ hai thế giới về lượng hành khách sử dụng (xếp sau Tàu điện ngầm Thượng Hải) tính đến năm 2019, tàu điện ngầm chỉ chiếm một phần nhỏ trong tổng thể mạng lưới vận tải đường sắt công cộng tại Tokyo—chỉ 286 trong tổng số 938 nhà ga đường sắt, tính đến năm 2020.[6] Với 8,7 triệu hành khách mỗi ngày, hệ thống tàu điện ngầm Tokyo chỉ mới phục vụ 22% trong tổng số 40 triệu hành khách tham gia giao thông đường sắt hàng ngày tại thành phố Tokyo.[7] Các hệ thống đường sắt đô thị khác bao gồm Keikyu (trước đây là Đường sắt Tốc hành Điện Keihin), Keiō, Đường sắt Điện Keisei, Đường sắt Điện Odakyu, Đường sắt Seibu, Đường sắt Tobu và Tokyu.
Tuyến Yamanote và Tuyến Chūō (tốc hành) không phải là các tuyến tàu điện ngầm, mà là một tuyến đường sắt vòng tròn (Tuyến Yamanote) và một tuyến xuyên tâm được vận hành với tần suất tương tự như metro. Chúng thuộc sở hữu bởi Công ty Đường sắt Đông Nhật Bản, đóng vai trò huyết mạch trong hệ thống vận tải ở trung tâm Tokyo, và thường được thể hiện trên các bản đồ tàu điện ngầm Tokyo.
^平成17年 大都市交通センサス 第10回 [2005 Metropolitan transportation census (10th)] (PDF) (bằng tiếng Nhật). 国土交通省 総合政策局 交通計画課 [Land, Infrastructure and Transportation Ministry, Transport Policy Bureau]. 30 tháng 3 năm 2007. Truy cập ngày 17 tháng 1 năm 2016.