Việc phân loại còn nhiều tranh cãi.[1] Theo truyền thống, Dicyemida được xếp cùng nhóm với Orthonectida trong Mesozoa và tính đến năm 2017, bằng chứng phân tử[2] dường như xác nhận điều này.
^Kobayashi, M; Furuya, H; Wada, H (2009). “Molecular markers comparing the extremely simple body plan of dicyemids to that of lophotrochozoans: insight from the expression patterns of Hox, Otx, and brachyury”. Evol Dev. 11 (5): 582–589. doi:10.1111/j.1525-142x.2009.00364.x. PMID19754714.
^Suzuki, TG; Ogino, K; Tsuneki, K; Furuya, H (2010). “Phylogenetic analysis of dicyemid mesozoans (phylum Dicyemida) from innexin amino acid sequences: dicyemids are not related to Platyhelminthes”. J Parasitol. 96 (3): 614–625. doi:10.1645/ge-2305.1. PMID20557208.