Ông còn là một nhà báo tài năng, một người tích cực áp dụng tư tưởng duy lý phương Tây, phê phán một cách hài hước thói hư tật xấu của quan lại phong kiến và thực dân Pháp. Ông cũng là một trong số ít nhà báo tiếp thu nhiều tư tưởng mới, đa văn hóa từ Hồng Kông, Trung Quốc, Nhật Bản, Pháp... Ông còn nổi tiếng vì sự trực ngôn, trước 1945 được mang danh là Ngự sử văn đàn. Ông phê phán chính sách cai trị của người Pháp một cách sát sườn, đối thoại với các học giả từ Bắc đến Nam không e dè kiêng nể. Những năm 1956–1958 cũng vì cung cách nói thẳng ấy ông đã buộc phải dừng sáng tác. Ông qua đời vào năm 1959.
Năm 1936, ông vào Huế viết cho tờ Tràng An và xin được phép xuất bản báo Sông Hương. Năm 1939, Sông Hương đóng cửa, Phan Khôi lại trở vào Sài Gòn dạy học chữ Nho và viết tiểu thuyết.
Ông ở Việt Bắc suốt 9 năm nhưng vì bị bệnh nên phải vào bệnh viện một thời gian.
Cuối năm 1954 hòa bình lập lại, Phan Khôi về Hà Nội cùng với các văn nghệ sĩ khác. Trong thời gian 1956–1957, là một trong những người thành lập tờ Nhân Văn và có các bài phê phán giới lãnh đạo văn nghệ lúc bấy giờ. Vì chống đối chế độ Hà Nội, nên cụ bị gán là phản động, việt gian, phá hoại, tờ rốt kít, hút thuốc phiện, chơi gái, v.v. [2] ông bị buộc phải ngừng sáng tác. Nhà cầm quyền định bắt giam cụ nhưng chưa kịp thi hành thì cụ qua đời năm 1959 tại Hà Nội.
Khi mất, ông được chôn cất tại nghĩa trang Mai Động, sau đó, do chiến tranh, các ngôi mộ buộc phải thuyên chuyển hoặc bị bom đạn, thời tiết san phẳng đi. Mộ ông Phan Khôi bị thất lạc trong những ngôi mộ vô thừa nhận không ai biết, đến nay ngay cả con cháu ông cũng không biết mộ ông nằm ở đâu.[1]
Bà Phan Thị Miều (bút danh Phan Thị Mỹ Khanh), con gái học giả Phan Khôi có viết sách “Nhớ cha tôi Phan Khôi” (NXB Đà Nẵng, 2001).
Năm 2013, cuốn sách "Nắng được thì cứ nắng – Phan Khôi từ Sông Hương đến Nhân Văn" đoạt giải thưởng ở hạng mục Phê bình Lý luận văn học của Hội Nhà văn Hà Nội. Tác giả của cuốn sách là Phan An Sa, con út nhà văn Phan Khôi.Đây được xem là tác phẩm mô tả chi tiết và chân thực nhất về sự nghiệp làm báo cũng như cuộc đời Phan Khôi.[5][6]
Phim tư liệu Con mắt còn có đuôi trên trang Phóng sự – tài liệu của Đài Phát thanh – Truyền hình Đà Nẵng.
Năm 2013, thành phố Đà Nẵng đặt tên phố Phan Khôi cho một con phố dài 615 mét thuộc quận Cẩm Lệ.[7]
Tháng 10 năm 2014, tỉnh Quảng Nam tổ chức hội thảo có chủ đề “Phan Khôi và những đóng góp trên lĩnh vực văn hóa”. Hơn 40 đại biểu là các nhà khoa học, nhà nghiên cứu trên các lĩnh vực văn học, lịch sử trong cả nước đã có tham luận giới thiệu và thảo luận về Phan Khôi.[8]
Tháng 3 năm 2015, tỉnh Quảng Nam chính thức đặt tên đường Phan Khôi ở thành phố Tam Kỳ. Đó là con đường dài 310 mét, rộng 19,5 mét có đầy đủ hạ tầng kĩ thuật với hệ thống cấp thoát nước, điện chiếu sáng, cây xanh.
Ông cũng là một trong những người dịch Kinh ThánhTin Lành sang tiếng Việt.
Nhận xét
Nhà nghiên cứu Lại Nguyên Ân nói về ông như sau:
Phan Khôi hiện diện trước xã hội, trước cuộc đời này chỉ với tư cách nhà báo; người ta biết ông chủ yếu qua những gì ông viết ra đăng lên báo chí; nhưng, qua hoạt động báo chí, Phan Khôi chứng tỏ mình còn là một học giả, một nhà tư tưởng, một nhà văn. Phan Khôi là nhà tư tưởng đã đặt ra hàng loạt vấn đề: phê phán Khổng giáo, tiếp nhận tư tưởng Âu Tây, nữ quyền. Ông cũng là một nhà Hán học và Trung Quốc học am hiểu những vấn đề của xã hội Trung Quốc đương thời, ông là một dịch giả đã dịch Kinh Thánh của đạo Tin Lành ra tiếng Việt, một nhà Việt ngữ học cả ở phần lý thuyết lẫn thực hành, một nhà văn xuôi với thể hài đàm và một nhà phê bình văn học.Có thể nói Phan Khôi là người thể hiện rõ nhất và thành công nhất chủ trương duy tân kiểu Phan Chu Trinh vào đời sống, nhưng khác với người tiền bối ấy, Phan Khôi hoàn toàn không thể hiện mình như một chí sĩ; ông sống như một người thường trong đời thường, chỉ hoạt động chuyên nghiệp như một nhà ngôn luận, chỉ tác động đến xã hội bằng ngôn luận. Phan Khôi thuộc trong số những trí thức hàng đầu có công tạo ra mặt bằng tri thức và văn hoá cho xã hội Việt Nam những năm đầu thế kỷ XX, nhưng đặt bên cạnh những gương mặt sáng láng như Nguyễn Văn Vĩnh, Phạm Quỳnh, Trần Trọng Kim, Huỳnh Thúc Kháng…, ông thường tự thể hiện như kẻ phản biện, và sự phản biện của ông thường đem lại chiều sâu mới cho tri thức.[9]
