Ông thi hành sứ vụ giám mục trong khoảng thời gian đầy khó khăn với Công giáo tại Việt Nam nói chung và đặc biệt là Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh nói riêng. Các biến cố lớn của Tổng giáo phận Sài Gòn, sau này là Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh, luôn có sự đóng góp xây dựng và chăm sóc của ông. Như khi chính quyền Việt Nam Cộng hòa (năm 1975) sụp đổ [10], tiếp nối là những căng thẳng giữa chính phủ Việt Nam với Tòa Thánh về chức vị của Tổng giám mục Phó Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận (năm 1975[11], 1989, 1991[12]), hay việc Giám quản Tông tòa Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh Nicôla Huỳnh Văn Nghi (năm 1993[13], 1995) và việc bổ nhiệm tân Tổng giám mục Sài Gòn để kế vị Tổng giám mục Phaolô Nguyễn Văn Bình đã già yếu (năm 1993)[14] rồi qua đời (năm 1995)[15]. Trong khoảng thời gian đó,[16] Giám mục Nẫm đã cho thấy mình là trợ thủ đắc lực cho Tổng giám mục Phaolô Bình để thi hành chức vụ của mình dù ông cũng già yếu[17]. Sau này ông tiếp tục coi sóc giáo phận khi Tổng giám mục Bình qua đời, cũng như phụ tá cho Giám mục Giám quản Huỳnh Văn Nghi khi giám quản giáo phận đồng thời là Giám mục chính tòa Giáo phận Phan Thiết[18], cho đến khi Tòa Thánh giải quyết xong với chính phủ Việt Nam về việc bổ nhiệm giám mục phó Giáo phận Mỹ ThoGioan Baotixita Phạm Minh Mẫn về làm tân Tổng giám mục[19][20].
Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh – nơi ông dùng trọn cuộc đời để phục vụ có thể nói là một trong số ít giáo phận đông giáo dân của Công giáo tại Việt Nam. Theo số liệu, năm 1979 Tổng giáo phận có số giáo dân là 389.604 (chiếm 11.1% dân cư), 414 linh mục và 201 nhà thờ (số nhà thờ nhiều hơn hiện nay – 200 nhà thờ) và khi ông từ nhiệm năm 1999 là 524.281 giáo dân (10,5% số dân cư) và 442 linh mục, 186 nhà thờ[21] dù trải qua ba năm trống toà với bao thiếu thốn, điều đó cũng cho thấy sự khó nhọc, cần mẫn của ông trong cương vị Giám mục.
Thân thế và tu tập
Giám mục Phạm Văn Nẫm sinh ngày 17 tháng 9 năm 1919 tại làng An Bình, tỉnh Kiến Phong (nay thuộc xã An Bình, huyện Cao Lãnh, tỉnh Đồng Tháp), thuộc Giáo phận Mỹ Tho theo bia mộ, không phải thành phố Sài Gòn như các trang web dẫn[22][23]. Bản thân Giám mục Nẫm mãi cho đến năm 16 tuổi mới lãnh nhận Bí tích Rửa Tội ngày 31 tháng 1 năm 1934. Sau này, cả gia đình ông đều được rửa tội và theo đạo Công giáo. Mộ phận thân sinh ông được xây cất tại làng An Bình. Em gái thứ bảy của ông là bà Phạm Thị Niềm, hy sinh ngày 2 tháng 9 năm 1945 do máy bay Pháp sát hại tại Bằng Lăng, được truy tặng liệt sĩ năm 1987.[cần dẫn nguồn]
Con đường tu học của Giám mục Nẫm khởi nguồn từ năm 1938, khi ông nhập học Chủng viện Sài Gòn và được cử đi du học tại Chủng viện Penang, Malaysia. Sau khi dừng việc tu học năm 1945 tại Malaysia, chủng sinh Louis nhập học tại Đại Chủng viện Cái Nhum, Vĩnh Long và học tại đây cho đến năm 1948.[cần dẫn nguồn]
Đời linh mục
Sau quá trình tu học, ngày 19 tháng 9 năm 1948, Phó tế Louis Phạm Văn Nẫm được thụ phong linh mục, lễ phong chức do Giám mục Jean Cassaigne cử hành tại Tổng giáo phận Sài Gòn. Sau khi trở thành linh mục, tân linh mục về làm Giáo sư Chủng viện Sài Gòn cho đến tháng 4 năm 1950.[24]
Tháng 4 năm 1950, khi Giáo điểm Vườn Xoài mới thành lập, linh mục Phạm Văn Nẫm đang dạy tại Tiểu Chủng viện Sài Gòn thì được Giám mục Jean Cassaigne cử về giúp linh mục An-rê Đại để lo cho giáo điểm.[25] Trong các ngày Chủ Nhật, vào dịp tuần thánh, giáng sinh, linh mục Phạm Văn Nẫm đều cùng một số linh mục ở Tiểu Chủng viện đến giúp mục vụ, dạy nhạc lý, tập hát, tĩnh tâm, sinh hoạt thiếu nhi,... Ngoài ra, linh mục Nẫm còn đến các nhà buôn để xin gỗ về làm vách nhà nguyện cho giáo dân.
Từ tháng 6 năm 1956 đến năm 1960, ông phụ trách họ đạo Tân Phước. Trong thời gian này, linh mục Nẫm đã biểu lộ được bản chất là một người hiền lành, đầy tế nhị trong hoàn cảnh đất nước vừa thu về một mối.[26] Sau đó, ông được về phụ trách giáo xứ Đồng Tiến. Từ năm 1964 đến năm 1978, ông làm cha phó họ đạo Gia Định kiêm Giám học Trường Trung Tiểu học Thánh Mẫu.
Năm 1977, nhân dịp tham dự Hội nghị Giám mục Thế giới tại Rome, Tổng giám mục Phaolô Nguyễn Văn Bình đã đề nghị và được Tòa Thánh chấp thuận bổ nhiệm linh mục Louis Phạm Văn Nẫm làm Giám mục phụ tá Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh (đã đổi tên từ Tổng giáo phận Sài Gòn năm 1976).[27]
Giám mục
Ngày 3 tháng 12 năm 1977, ông được Giáo hoàng Phaolô VI bổ nhiệm làm Giám mục phụ tá Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh, hiệu tòa Acufida.[28][29] Giám mục Nẫm là vị giám mục đầu tiên được tấn phong trong chế độ mới, chính vì thế có nhiều chuyện bên lề về ông. Một số người xem ông được phong giám mục vì có quen biết, có người xem ông là "Giám mục quốc doanh" vì là bạn học xưa của Tạ Bá Tòng, một nhân vật cao cấp của Mặt trận Giải phóng lúc ấy.[26] Hoặc ông được cho là quá dễ dãi với chính quyền.[30]
Tổng giám mục Nguyễn Văn Bình và Giám mục Phụ tá Sài Gòn Louis Phạm Văn Nẫm đến thăm tòa soạn báo Công giáo và Dân tộc
Ngày 02 tháng 2 năm 1978, linh mục Nẫm được tấn phong làm Giám mục phụ tá Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh, kiêm Tổng đạị diện Tổng giáo phận (theo Giáo luật, Giám mục phụ tá phải được Giám mục chính tòa đặt làm Tổng đại diện). Lễ tấn phong Giám mục của ông do Tổng Giám mục Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh Phaolô Nguyễn Văn Bình chủ phong tại Sài Gòn và hai Giám mục Giuse Phạm Văn Thiên – Giám mục chính tòa Giáo phận Phú Cường và Giám mục Giacôbê Nguyễn Ngọc Quang – Giám mục chính tòa Giáo phận Cần Thơ phụ phong.
Từ năm 1993, sau khi Tổng giám mục Phaolô Nguyễn Văn Bình ngã bệnh, Giám mục Nẫm cùng Giám quản Tông Tòa Nicôla Huỳnh Văn Nghi điều hành Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh [31] trong khoảng thời gian khó khăn [32][33] đến khi Tổng giám mục Bình qua đời, trong khi Tổng giám mục Phó Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Thuận bị cấm trở lại Việt Nam (1989)[34][35] và khi giáo phận trống tòa trong 3 năm (1995 – 1998) cho đến khi Giám mục Phó Giáo phận Mỹ Tho Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn được bổ nhiệm làm Tổng giám mục và nhận giáo phận năm 1998.
Năm 1997, ông viết lời giới thiệu của sách giáo lý Hội Thánh Công giáo.[36][37]
Trong cương vị Giám mục phụ tá, ông cũng đi thăm mục vụ, khánh thành giáo xứ, ban các Bí tích trong Giáo phận, thay mặt Tổng giám mục Phaolô Bình đi đặt viên đá xây dựng các công trình Công giáo,...[38][39][40][41]
Phần mộ Giám mục Louis Phạm Văn Nẫm tại nhà nguyên Trung tâm Mục vụ Tổng giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh
Lúc 16 giờ 50 phút Ngày 30 tháng 6 năm 2001, ông qua đời tại Bệnh viện Nguyễn Tri Phương,[42] thọ 82 tuổi, với 53 năm linh mục và 23 năm trên cương vị giám mục. Ông được an táng trong nhà nguyện Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn.