Ngày 21 tháng 4 năm 1979, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định 174-CP[3]. Theo đó, chia xã Long Phú thành hai xã Long Phú và Tân Phú.
Ngày 28 tháng 1 năm 1991, toàn bộ diện tích và dân số của xã Tân Phú được sáp nhập trở lại xã Long Phú.[4]
Ngày 27 tháng 10 năm 2006, Chính phủ ban hành Nghị định 124/2006/NĐ-CP[5]. Theo đó:
Thành lập thị trấn Trà Lồng trên cơ sở điều chỉnh 713,56 ha diện tích tự nhiên và 4.571 người của xã Long Phú
Thành lập xã Tân Phú trên cơ sở điều chỉnh 2.550,37 ha diện tích tự nhiên và 9.060 người của xã Long Phú.
Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, xã Long Phú còn lại 2.313,36 ha diện tích tự nhiên và 9.881 người.
Từ ngày 15 tháng 5 năm 2015, xã Long Phú trực thuộc thị xã Long Mỹ.[6]
Ngày 11 tháng 7 năm 2019, Hội đồng Nhân dân tỉnh Hậu Giang ban hành Nghị quyết 11/2019/NQ-HĐND[7] về việc sáp nhập hai ấp Long Thạnh 2 vào Long Thạnh 1 thành ấp Long Thạnh.
Hành chính
Xã Long Phú được chia thành 9 ấp: Long An, Long Bình 1, Long Bình 2, Long Hòa 1, Long Hòa 2, Long Khánh, Long Thạnh, Tân Bình 1, Tân Bình 2.
^Nghị quyết 933/NQ-UBTVQH13 về việc điều chỉnh địa giới hành chính huyện Long Mỹ để thành lập thị xã Long Mỹ và 4 phường thuộc thị xã Long Mỹ, tỉnh Hậu Giang