Người chơi sẽ hóa thân vào vai Paul, con trai của ái thiếp và là người thừa kế của Công tước Atreides, với mục tiêu giành cho được sự tin tưởng và tôn trọng từ cư dân bản địa của hành tinh sa mạcDune gọi là Fremen, để cuối cùng trở thành vị cứu theo như lời tinh tiên tri của họ và giải thoát họ khỏi những điều kiện khắc nghiệt trên hành tinh này. Chưa kể, vẫn còn phải chiến thắng trước Baron Harkonnen; tên nam tước độc ác với sự hậu thuẫn ngầm từ Hoàng đế, đã ra tay thảm sát cả gia tộc Atreides.
Câu chuyện đằng sau mỗi nhiệm vụ giống hệt y như tiểu thuyết, dù diễn ra trong khoảng thời gian hai năm trong cuốn tiểu thuyết Dune khi Paul vừa giành được sự tin tưởng của người Fremen.