TNN Outdoor Fishing Champ thiếu một đường viền, có thể phát hiện ra khi kết game ở phiên bản tiếng Nhật, do phần kết thúc đó bị cắt cho bản phát hành tại Mỹ.
Một số trò chơi, chẳng hạn như Bomberman Quest, có các đường viền chỉ hiển thị khi liên kết Super Game Boy 2 với Game Boy.
Game & Watch Gallery sẽ hiển thị tay cầm Super NES trong Mode Select thay vì Game Boy, nếu chơi trên máy Super Game Boy. Ngoài ra, khi chơi một trong những trò chơi phụ ở chế độ "Cổ điển", Super Game Boy sẽ hiển thị các viền xung quanh màn hình bắt chước thiết kế vỏ của Game & Watch gốc.
Một số trò chơi (chủ yếu là trò chơi chiến đấu Takara, nhưng cũng có một số ít trò chơi khác) có hai chế độ người chơi đặc biệt, sử dụng hai tay cầm Super NES trên Super Game Boy. Một vài trò chơi Bomberman SGB (như Wario Blast) cho phép bốn người chơi sử dụng Super Multitap (hoặc bất kỳ bộ điều hợp nhiều người chơi tương thích nào khác) và bốn tay cầm.
Các băng rung có chức năng rung sẽ bị vô hiệu hóa khi chơi trên Super Game Boy, ngay cả khi chúng không có cải tiến, chẳng hạn như Hole in One Golf hoặc Test Drive Off-Road 3.
Một số trò chơi Game Boy do Nintendo phát hành trước Super Game Boy sẽ không có cải tiến, nhưng có bảng màu đặc biệt khi chơi. Sẽ được ghi chú trong cột Palettes - Special Default.
