Năm Kim Đại Định thứ 12, 12.000 hộ phía đông của huyện Hương Hà được tách ra để lập huyện Bảo Trì, huyện thành lúc bấy giờ gọi là Tân Thương, cũng gọi là Cừ Dương. Nhân dân trong huyện có nguồn lợi về đánh cá và làm muối, lúc đó muối là quốc bảo nên được gọi là Bảo Trì. Đến thời nhà Thanh, khu vực này thuộc Thuận Thiên phủ, đến giữa những năm Ung Chính, khu vực duyên hải phía đông tách ra và trở thành huyện Ninh Hà. Năm 2001, Bảo Trì được nâng lên thành khu.