23 вересня1823 року Хуан Естебан Педернера, будучи в чині генерал-лейтенанта, одружився з Розою Хуаною Гередією, яка народилась у Перу у 1805 році.
У 1826 році він знову займався військовою справою, цього разу беручи участь у аргентино-бразильській війні. Під час громадянської війни він приєднався до Унітарної партії під проводом генерала Хосе Марії Паса, і брав участь у битві під ла-Табладою проти сили федералістів. Після тривалого часу у засланні він повернувся до країни після падіння режиму Росаса, і зайняв пост сенатора від провінції Сан-Луїс. У 1856 році його було призначено на пост командувача прикордонними військами, а у 1859 було обрано на посаду губернатора Сан-Луйса. Того ж року він узяв участь у битві під Сепедою.
Пізніше його було обрано на посаду віцепрезидентомСантьяго Деркі, цей пост він займав з 1860 до 1861 року, коли Деркі подав у відставку після поразки під Павоном. Після цього Педернера виконував обов'язки президента, допоки уряд не було розпущено. У 1882 році він був призначений генерал-лейтенантом Армії республіки.
