Народився 18 березня1979 року в місті Сан-Паулу. Вихованець футбольної школи клубу «Корінтіанс». Дорослу футбольну кар'єру розпочав 1999 року в основній команді того ж клубу, в якій провів два сезони, взявши участь у 14 матчах чемпіонату. За цей час виборов з клубом титул клубного чемпіону світу 2000 року[1] та став чемпіоном Бразилії 1999 року.
Згодом з 2002 року по сезону провів у інших місцевих клубах «Інтернасьйонал» та «Фламенго», після чого перебрався до Європи «Вольфсбург». Там він провів чудовий сезон, забивши 11 м'ячів у 22 матчах Бундесліги, але під час літньої перерви він прилетів додому, де без відома клубу переніс операцію на коліні. В результаті його контракт було розірвано і він залишився у Бразилії, де недовго пограв за клуб «Сан-Каетано».
В лютому 2005 року Фернандо знову відправився до Європи і став гравцем іспанської «Малаги»[2], де він забив 9 голів у 17 іграх Ла Ліги до кінця сезону, після чого перейшов в іншу місцеву команду «Сельта Віго»[3]. Там бразилець теж мав хорошу результативність, забивши у першому сезоні 13 голів, а в другому 15, втім цього не вистачило щоб врятувати команду від вильоту з Прімери у сезоні 2006/07[4].
Влітку 2007 року за 5 млн. євро Баїяно перейшов до складу новачка Ла Ліги клубу «Реал Мурсія», для якого цей трансфер став рекордним. Але покладені на бразильця сподівання виправдані не були — за сезон він забив лише 5 голів, а куб зайняв передостаннє місце і понизився у класі[5][6]. Після цього Баїяно відправився на прпвах оренди до еміратської «Аль-Джазіри», де знову показав свій бомбардирський хист і з 25 голами став найкращим бомбардиром чемпіонату ОАЕ. Після цього контракт гравця викупив гранд місцевого футболу клуб «Аль-Вахда» (Абу-Дабі), з яким Еду став чемпіоном країни у 2010 році та володарем суперкубка у 2011 році, а також вдруге у своїй кар'єрі поїхав на клубний чемпіонат світу, зайнявши з командою 6-те місце.
На завершенні кар'єри грав за бразильські клуби «Сан-Бернарду» та «Можі-Мірім» у чемпіонатах штату, між якими недовго виступав за саудівський «Аль-Іттіхад».