«Мова тварин» (1967, Ломоносівська премія І ступеня, 1968; Приз Всесоюзного кінофестивалю «Золотий кінокадр»; Призи фестивалю в Ірані — «Золота статуетка» та «Золотий дельфін»; Приз фестивалю в Камбоджі — «Срібний кубок»; Приз XII Міжнародного кінофестивалю в Лейпцизі«Золотий голуб»; Золота медаль фестивалю в Будапешті; Почесні дипломи МАНК і фестивалю в Белграді)
Йому присвячено один з фільмів циклу «Рідні люди» (2012, реж. Юлія Руденко, автор Олександр Тарасенко). Про Фелікса Соболєва розказує його товариш по «Київнаукфільму», режисер Роман Ширман.
17 листопада 2016 року в Києві було відкрито меморіальну дошку. На будинку за адресою вул. Червоноткацька, 19 є пам'ятний знак, який свідчить: тут упродовж 1964—1981 років жив і працював один із геніїв українського і світового кіно Фелікс Соболєв (1931—1984)[2].