Себастьян Мюллер народився у місті Швальмштадт і грати у футбол почав у місцевому клубі аматорського рівня. Пізніше він приєднався до молодіжної команди клубу «Кельн», де виступав чотири роки. У 2020 році Мюллер став гравцем клубу «Армінія»[1] з Білефельда, яка в тому ж сезоні виборола право грати у Бундеслізі. І 12 грудня 2020 року Себастьян Мюллер дебютував у турнірі Бундесліги, вийшовши на заміну у матчі проти «Фрайбурга».
Але надалі, не маючи постійної ігрової практики, Мюллер відправився в оренду. У лютому 2021 року до кінця сезону він перейшов до клубу «Оснабрюк».[2] Влітку 2021 року футболіст знову був відправлений в оренду - у клуб Третьої ліги «Айнтрахт» з Брауншвейга.[3]
Провівши там один сезон, влітку 2022 року нападник відправився на правах оренди також до клубу Третьої ліги «Галлешер».[4]
Збірна
З 2019 року Себастьян Мюллер провів кілька матчів у складі юнацьких збірних Німеччини.[5]
