Петля омега — це нерегулярний структурний мотив білка[1][2], що складається з петлі з шести і більше амінокислотних залишків і будь-якої послідовності амінокислот. Визначальною характеристикою є те, що залишки, що складають початок і кінець петлі, близькі між собою в просторі, не мають втручаються довжин звичайних вторинних структурних мотивів. Він названий за своєю формою, що нагадує велику грецьку букву Омега (Ω).
Структура
Петлі Омеги, будучи нерегулярними, неповторюваними вторинними структурними одиницями, мають різноманітні тривимірні форми. Форми петлі Омеги аналізуються для виявлення повторюваних візерунків у двогранних кутах та загальної форми петлі, щоб допомогти визначити потенційну роль у складі та функціонуванні білка[3][4].
HIV-1 reverse transcriptase
Оскільки петлі майже завжди знаходяться на поверхні білка, часто передбачається, що ці структури є гнучкими; однак, різні омега-петлі виявляють діапазон гнучкості в різні часові шкали руху білка і були визначені як ті, що відіграють роль у згортань деяких білків, включаючи зворотну транскриптазу ВІЛ-1; цитохром c; і нуклеїди.[5][6]
