Печеру відкрив у 1961 році Гіві Шалвович Смир, який з 2001 року є директором комплексу Новоафонських печер. З 1975 року відкрита для туристів.
Новоафонська печера складається з 9-ти залів, у перших 6-х проводяться щоденні екскурсії, у наступних 2-х — щотижневі, одну залу зарезервовано для наукової праці. Назви зал за чергою:
Зал «Апсни»
Зал Спелеологів
Зал «Нарта»
Зал «Апсар»
Зал «Анакопія»
Зал «Іверія»
Зал «Аюхаа»
Зал імені Гіві Смир
Зал для наукової праці — без назви
Цікаві факти
Найбільший зал печери — «Зал спелеологів». Його довжина — 260 метрів, висота — до 50 метрів, ширина — до 75 метрів.
Найвищий зал печери — зал «Апсар». Його висота — до 70 метрів.
Найкращі зали печери — Зали імені Гіві Смир, «Анакопія», Геліктитовий грот і Коралітова галерея.
Транспортна система
З 1975 року у печері діє підземна вузькоколійна залізниця, яку іноді називають «метрополітен в печері». Залізниця має три станції.