Команда заснована у 1980 році за ініціативи адміністрації Охтирського нафтогазовидобувного управління (зараз НГВУ «Охтирканафтогаз» ПАТ «Укрнафта»). До 1982 року «Нафтовик» грав на першість області. Після чого, завоювавши кубок області, почали брати участь в першості України серед команд колективів фізкультури.
1985 року «Нафтовик» став чемпіоном УРСР та, згідно з регламентом, завоював путівку в другу лігу союзної першості. Всього за 5 років виступів серед команд колективів фізкультури «Нафтовик» зіграв 63 матчі, 42 з яких виграв, 6 разів зіграв внічию і 15 зустрічей програв. Різниця забитих і пропущених м'ячів 109-64.
Чемпіонами стали:
воротарі: Олександр Ковальов та Борис Філатов;
захисники: Євген Осипов, Володимир Ольшанченко, Василь Єрмак (капітан команди), Віктор Мунтян, Віктор Попчук, Валерій Бойченко;
півзахисники: Сергій Фомін, Олег Земляний, Олександр Довбій, Тарас Томич, Ігор Строганов, Віктор Яїчник;
Успішно виступала команда і в другій лізі першості Союзу. В рік дебюту «Нафтовик» був дев'ятнадцятим серед 28 команд, але вже наступного сезону зайняв шосте місце. Потім, після двох років спаду, повторив своє досягнення і виступив у фіналі Кубка України, де по сумі двох ігор поступився житомирському «Поліссю». А в сезоні 1991 року зайняв перше місце у своїй зоні.
Доволі успішно клуб виступав і в Кубку СРСР. Так у сезоні 1988/89 команда поступилась у 1/64 фіналу кишинівському «Ністру» 1:2. Вдруге охтирчани потрапили до розіграшу Кубку СРСР у сезоні 1991/92. У 1/64 фіналу здолали в себе на полі ризьку команду «Пардаугава» 2:1, а у 1/32 фіналу також на домашньому стадіоні перемогли білоруський «Дніпро» (Могильов) з рахунком 2:1. У 1/16 фіналу двічі поступились київському «Динамо» 1:4 (в Охтирці) і 0:4 (у Києві).
Перший чемпіонат незалежної України клуб розпочав у вищій лізі, але посівши 8-е місце у Групі Б опустився до першої ліги. У першій лізі клуб стабільно займав місця у верхній частині таблиці, але у сезоні 1999/00 зайняв 14 місце і вилетів до другої ліги. Там «Нафтовик» за декілька турів до завершення сезону упевнено зайняв перше місце у своїй групі та повернувся у першу лігу, продовжуючи займати місця у верхній частині таблиці, а у сезоні 2003/04 команда посіла навіть трете місце, відставши від другого «прохідного» місця лише на 4 очки.
Проте у сезоні 2006/07 клуб таки зайняв 1-е місце і знову виборов путівку до вищої ліги. Там, незважаючи на ряд перемог, в тому числі сенсаційної виїзної перемоги 1:0 над чемпіоном України «Динамо» (Київ)[1], за результатами сезону 2007/08 років клуб набрав на одне очко менше ніж ФК «Харків», що зайняв «рятівну» 14 позицію, і знову опустився до першої ліги.
Повернувшись до першої ліги, клуб став середняком турніру, не маючи особливих шансів на повернення до еліти.
Перед початком сезону другої ліги 2018/2019 футбольний клуб «Нафтовик-Укрнафта» було розформовано.
7 лютого 2020 року фарм-клуб «Нафтовика-Укрнафти» — «Нафтовик-2» — було перейменовано на ФК «Нафтовик» (Охтирка)[2][3][4][5]. Спонсором команди продовжує виступати НГВУ «Охтирканафтогаз» ПАТ «Укрнафта»[5]. Почесним керівником клубу став Ігор Біленко, головним тренером — Олександр Сікун[5].
