11 жовтня2007 року, НАВС вийшла зі складу суданського уряду, звинувативши Хартум в порушенні умов мирної угоди. Зокрема, представники НАВС стверджували, що в уряді домінує Національний конгрес Судану і понад 15.000 солдат так і не покинули територію Південного Судану. Однак, НАВС також заявила, що не має наміру повертатися до війни.[1].
13 грудня2007 року НАВС знову увійшла до складу суданського уряду. У підписаній угоді говорилося, що місця в уряду будуть розподілятися на основі ротації між Джубою і Хартумом кожні три місяці. Також була досягнута домовленість про фінансування перепису населення і графіка виведення військ через кордон.[2].
8 січня2008 війська Північного Судану остаточно покинули Південний Судан.[3].