Народився 5 грудня1978 року в місті Монтевідео. Вихованець футбольної школи клубу «Данубіо». Дорослу футбольну кар'єру розпочав 1995 року в основній команді того ж клубу. У своєму дебютному сезоні в чемпіонаті Уругваю 18-річний Салаєта забив 12 м'ячів у 32 матчах. Показавши відмінний результат Марсело у 1997 році перебрався в «Пеньяроль». У «Пеньяролі» молодий нападник також відмінно проявив себе, забивши 13 м'ячів у 32 матчах, а також завоювавши чемпіонський титул, вигравши Лігілью.
Ще в 1997 році Салаєтою зацікавилися селекціонери італійського«Ювентуса». У січні 1998 роуц Марсело підписав контракт з «Ювентусом». Ставши гравцем туринського клубу Марсело рідко потрапляв до основного складу, в чемпіонаті Італії сезону 1997/98 Салаєта зіграв лише п'ять матчів і забив один гол, Марсело також провів два матчі у кубку Італії. Незважаючи на малу кількість зіграних матчів, Марсело став чемпіоном Італії сезону 1997/98.
У жовтні 1998 року Марсело був відданий в оренду в «Емполі». За «Емполі» у чемпіонаті Італії сезону 1998/99 Салаєта провів 17 матчів і відзначився двома забитими м'ячами, проте команда зайняла останнє 18 місце і вилетівла з Серії А. Після закінчення оренди в червні 1999 року, Марсело знову був відданий в оренду, цього разу до іспанської«Севільї». За два сезони, виступаючи спочатку в Ла лізі , а потім і у Сегунді, Салаєта зіграв за «Севілью» 50 матчів і забив 10 м'ячів.
Повернувшись з оренди в «Ювентус», Марсело зрідка виходив в основному складі, зігравши за наступні два з половиною сезони в чемпіонаті 35 матчів і забив 4 м'ячі. У січні 2004 року Марсело на правах оренди перейшов в «Перуджу», але і там не отримував достатнього ігрового часу, відігравши всього п'ять матчів.
в сезоні 2004/05 років був виходив стабільно і Серії А (28 виступів) і забив 6 голів. У наступному чемпіонському сезоні 2005/06 років він виходив на поле рідше. Після скандалу Кальчополі і відправлення «Ювентуса» до Серії Б, Салаєта залишався в Турині і в сезоні 2006/07 років допоміг команді виграти другий дивізіон і повернутись в еліту.
Влітку 2007 року перейшов в «Наполі», за який відіграв два сезони, після чого влітку 2009 року був відданий в оренду «Болоньї», де провів наступний сезон.
7 травня2011 року футболіст досяг усної домовленості про повернення до «Пеньяроль»[4][5]. 6 липня2011 року Салаєта підписав контракт з «Пеньяролем» строком до 30 червня 2012 року[6]. За підсумками сезону 2012/13 клуб став чемпіоном Уругваю, а Салаєта був визнаний гравцем року[7].
