У 1990 році він вступив до духовної семінарії в Ечміадзині, яку закінчив у 1996 році і був висвячений в сан диякона.
Після дияконських свячень він служив в Ечміадзині в музеї-скарбниці і належав до програми військового капеланства в Республіці Вірменія
Висвячений в сан єромонаха 29 лютого 2000 року, прийнявши ім'я Маркос. Після свого рукоположення, був призначений на службу в Ростов-на-Дону в якості помічника єпископа. З 2001 року служив в Ризі (Латвія).
Продовжуючи освіту, отець Маркос вступив до Свято-Тихонівського православного богословського інституту в Москві. Став архимандритом (Vardapet) в 2005 році, після того як успішно захистив докторську дисертацію.
У 2005 році став місцеблюстителем єпархії Ґегаркунік, у 2006 році рукоположений на єпископа і очолив єпархію Ґегаркунік.
В березні 2015 року єпископ Маркос Оганесян закінчив служіння в єпархії Ґегаркунік і був призначений в якості нового Предстоятеля Української єпархії Вірменської Апостольської Церкви
Білгород-Дністровський — Церква Сурб Аствацацін, XIV ст. • Одеса — Церква Сурб Грігор Лусаворич, 1995 • Миколаїв — Храм Сурб Геворг, 2012
Храми, які будуються
Київ — будуються кафедральний собор • Кам'янське — будується каплиця
Втрачені храми/під іншою юрисдикцією
Київ — Фундаменти вірменської церкви (на місці Покровської церкви на Подолі), XIV ст. • Луцьк — Церква Сурб Степанос, 1427. У 1950-і роки церква перебудована на житловий будинок • Язловець — Костел Сурб Нікогайос, 1551, тепер церква Святого Миколая, УГКЦ. • Івано-Франківськ — Вірменський костел, сьогодні це — Кафедральний собор Івано-Франківської Єпархії Православної Церкви України.
