За час проходження військової служби у флоті Франкетті перебувала на посадах офіцера допоміжних сил і офіцера першого дивізіону на «Шенандо»; штурмана і координаторки на «Мононгахіла»; оперативного офіцера на «Мусбрюггер»; офіцера бойових систем і головного офіцера 2-ї ескадри есмінців; виконавчого офіцера «Стаут»; і офіцера-помічниці з надводних операцій ударної групи «Джордж Вашингтон». Вона командувала есмінцем КРЗ «Росс» та 21-ю ескадрою есмінців з флагманом на «Джон Стенніс».
Надалі Франкетті була керівницею Центру військово-морського резерву у Сентрал-Пойнт, штат Орегон; помічницею заступника начальника військово-морських операцій; офіцером протоколу командувача Атлантичного флоту США; офіцером 4-го батальйону Військово-морської академії США; начальницею відділу директорату Спільної розробки концепції та експериментування, в Об'єднаному штабі, J7; заступницею директора з міжнародної взаємодії та виконавчою помічницею N3/N5 у штабі ВМС та військовою помічницею міністра військово-морських сил.
6 травня 2020 року Франчетті призначена керівницею військово-морських операцій із розробки бойових дій (OPNAV N7), зберігши водночас інші посади.
У квітні 2022 року Франчетті номінована на підвищення в адмірали та призначення заступницею начальника військово-морських операцій. У травні 2022 року Сенат затвердив її кандидатуру. З 2 вересня 2022 року адмірал Ліза Франчетті розпочала виконувати обов'язки.
За даними USNI News, Франчетті є головною претенденткою на заміну в 2023 році адмірала Майкла М. Гілдея на посаді командувача Військово-морських сил США.