Формат змагань неодноразово змінювали. У перших 16-и розіграшах до 1955 року разом з командами майстрів у змаганнях брали участь колективи фізкультури. Перші три кубки розіграли з попередніх етапів. Іноді турнір одразу стартував з фінальної частини, як це було в 1944 та 1945 роках. Команди вищого дивізіону найчастіше стартували з 1/16 фіналу.
Кубок проходив за оліміпйською системою за якою учасник вибуває з турніру після програшу. Причому переможця виявляли, як в одному матчі, а в разі нічиї за результатами додаткової гри або ж за сумою двох матчів. Перегравання фінального матчу відбулась тричі в 1965, 1971 та 1972 роках, згодом почали призначати додатковий час. У випадку безрезультативного закінчення овертайму призначали серію післяматчевих пенальті.
У 1979—82 роках проводились фінальні зональні змагання за коловою системою.
У 1936—1939, 1944—1958, 1961—1965, 1969—1984 роках кубок розігрували впродовж одного сезону (за схемою «весна-осінь»). Турніри 1959/60, 1965/66 та 1966/67 тривали два роки. З осені 1984 року всі кубки проходили за схемою «осінь-весна».
Від самого початку всі фінальні матчі проходили в столиці СРСР Москві.
Трофей Кубка СРСР
Сам трофей — це кришталевий кубок вагою 6 кілограмів, який придбали в звичайному комісійному московському магазині. Головний приз Кубка не має ручок, завдяки чому виглядає одночасно й просто, й елегантно. На кришці і підставці вигравірувані назви команд, які вигравали кубок. Трофей був перехідним. Висота Кубку 60 сантиметрів. Оригінал Кубку зберігається в музеї московського «Спартака».