З окремих праць Іллігера виділяється «Систематичний нарис ссавців і птахів» (лат.Prodromus systematis mammalium et avium; 1811), що являв собою спробу удосконалення систематики Ліннея.
У 1802–1807 роках Іллігер видавав «Ентомологічний журнал» (нім.«Magazin für Insektenkunde»).
Роботи
Beschreibung einiger neuer Käfer, in: Schneider's entomologisches Magazin (1794)
Nachricht von einer in etlichten Gersten- und Haferfeldern um Braunschweig wahrscheinlich durch Insecten verursachten Verheerung, in: Brauschweigisches Magazin 50 (1795).
Die Wurmtrocknis des Harzes, in: Braunschweigisches Magazin 49-50(1798)
Die Erdmandel, in: Braunschweigisches Magazin 2 (1799)
Versuch einer systematischen vollständigen Terminologie für das Thierreich und Pflanzenreich (2006)
Zusätze und Berichte zu Fabricius Systema Eleutheratorus. Magazin fur Insektenkunde 1. viii + 492 pp.(1802).
Über die südamerikanischen Gürtelthiere, in: Wiedemann's Archiv für die Zoologie (1804).
Die wilden Pferde in Amerika, in: Braunschweigisches Magazin 7/(1805).
Nachricht von dem Hornvieh in Paraguay in Südamerika, in: Braunschweigisches Magazin 15-16 (1805).
Nachlese zu den Bemerkungen, Berichtigungen und Zusätzen zu Fabricii Systema Eleutheratorum Mag. fur Insektenkunde. 6:296-317 (1807).
Vorschlag zur Aufnahme im Fabricischen Systeme fehlender Käfergattungen. Mag. für Insektenkunde 6:318-350 (1807).
Prodromus Systematis Mammalium et Avium (1811).
Überblick der Säugthiere nach ihrer Vertheilung über die Welttheile. Abh. K. Akad. Wiss. Berlin, 1804-1811: 39-159 (1815).
Література
Wilhelm Heß: Illiger, Johann Karl Wilhelm. In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 14, Duncker & Humblot, Leipzig 1881, S. 23–27.[1] [Архівовано 19 жовтня 2012 у Wayback Machine.]