Джефферсон був обраний на драфті 2004 під 15 номером клубом «Бостон Селтікс». У дебютному сезоні виступав найчастіше на позиції важкого форварда. Взяв участь у 71 грі, один раз вийшов у стартовій п'ятірці.
У наступному сезоні Джефферсон погіршив статистичні показники через часті проблеми зі здоров'ям.
У сезоні 2006-07 Джефферсон спробував себе на позиції центрового, оскільки в «Селтікс» були проблеми з цією позицією через травми. Він вперше в кар'єрі більше одного разу за сезон набрав не менше 20 очок за гру; 3 березня 2007 Джефферсон встановив особистий рекорд результативності (32 очка за гру), а через 2 дні був названий гравцем тижня. Джефферсон завершив сезон із дабл-даблом у середньому за гру.
31 липня 2007 Ел перейшов у «Міннесоту Тімбервулвз». Сезон 2007-08 став першим у кар'єрі Джефферсона, у якому він взяв участь в усіх 82 іграх регулярної першості. Більше того — у всіх 82 іграх він виходив у стартовій п'ятірці.
У січні 2008 Джефферсон вдруге в кар'єрі був названий гравцем тижня. 27 січня 2008 він встановив новий особистий рекорд результативності — 40 очок за гру. 8 квітня 2008 Ел повторив цей результат. За підсумками сезону Джефферсон став одним із чотирьох гравців, котрі набирали в середньому за гру не менше 20 очок та 10 підбирань.
У сезоні 2008-09 Джефферсон взяв участь лише у перших 50 іграх регулярної першості — завершення сезону він пропустив через травму.
13 лютого 2010 Джефферсон набрав 26 підбирань за гру — він встановив новий клубний рекорд. 13 липня 2010 Ел перейшов у «Джаз».
