Тренер Джок Стейн став призвідником Золотий Ери для «Данфермліні Атлетік». Команда регулярно брала участь в єврокубках в 1960-ті і на початку 1970-х років.
В сезоні 2000—01 «Данфермлін» знову потрапив в Шотландську першість після семирічної перерви, завершивши сезон із сумнівними успіхами. Сезон 2002—03 виявився для «Данфермліна» хорошим, команда вперше зайняла п'яте місце завдяки бомбардиру, нападнику збірної Шотландії, Стівену Кроуфорду, який відзначився 19 м'ячами.
Повернення в Перший Дивізіон (2007—2011)
Після вильоту в Перший Дивізіон «Данфермлін» втратив двох ключових гравців: Доруса де Вріса, який перейшов в «Суонсі» і півзахисника Гарі Мейсона, який бажав грати в елітному дивізіон, вибравши «Сент-Міррен». Після поразки в першому турі від «Гамільтон Академікал» з рахунком 2:1, клуб зіграв в товариському матчі проти «Манчестер Юнайтед», присвяченому старожилу клубу Скоту Томпсону, програвши 4:0. Їх перший матч в сезоні, в Кубку УЄФА закінчився поразкою від «Хабнарфйордура».