Хокейну кар'єру розпочав 2007 року виступами за юніорську команду «Греат Ванкувер Канадієнс». Влітку 2007 на драфті ЗХЛ був обраний клубом «Ванкувер Джаєнтс».[1] У складі останніх він відіграв чотири сезони.[1]
Свій перший професійний сезон Брендан відіграв за фарм-клуб «Канадієнс» «Гамільтон Буллдогс» (АХЛ). У скороченому сезоні 2012–13 Брендан дебютував у складі «канадців». Свій перший гол у НХЛ він забив 27 січня 2013 у ворота Мартена Бродера в переможній грі 4–3 проти «Нью-Джерсі Девілс».[2] За підсумками першого сезону Галлахер був номінований на Пам'ятний трофей Колдера але поступився Джонатану Юбердо.[3]
29 листопада 2014 «Канадієнс» домовились з Галлахером про продовження контракту на шість років.
Наступного сезону Брендан також травмував руку та вибув з гри на вісім тижнів.[7]
У сезоні 2017–18 канадець грав в одній ланці з чехом Томашом Плеканецем.[8] По закінченню сезону Галлахер був номінований на Приз Кінга Кленсі.[9]
У сезоні 2018-19 Галлахер знову став віце-капітаном разом з Полом Байроном.[10] 21 лютого 2019 Брендан став автором першого хет-трику в переможній грі 5-1 над «Філадельфія Флайєрз».[11] 30 жовтня 2019 провів свій 500-й матч в НХЛ у матчі проти «Аризона Койотс».
14 жовтня 2020 Брендан уклав новий шестирічний контракт на $39 мільйонів доларів з «Монреаль Канадієнс».