Бенджамін Маккензі Шенккан народився 12 вересня1978 року в місті Остін (Техас) у сім'ї юриста Піта Шенккана та його дружини-поетеси Френсіс. Дядько Бенджаміна, драматург і актор Роберт Шенккан, є лауреатом Пулітцерівської премії. Після закінчення школи 1997 року Бенджамін вступив на факультет міжнародних відносин і економікиВірджинського університету, де навчалися його батько й дід. Під час навчання в університеті Шенккан почав грати в студентських театральних постановках[4]. 2001 року переїхав до Нью-Йорка, щоби стати актором. Грав у небродвейському театрі в постановці «Життя — це мрія», паралельно підробляючи офіціантом. Улітку зіграв у кількох постановках у рамках Вільямстаунського театрального фестивалю[5].
Після нетривалого перебування в Нью-Йорку, Бен Шенккан переїхав до Лос-Анджелеса. Мусив використовувати сценічне ім'я Бенджамін Маккензі, оскільки у Гільдії кіноакторів уже був зареєстрований інший Бенджамін Шенккан[6]. 2003 року Маккензі отримав одну з головних ролей у молодіжному телесеріалі «Чужа сім'я» телеканалу Fox, де зіграв Райана Етвуда, юнака з бідного району, що занурюється в життя еліти округу Орандж. Завдяки цій ролі Маккензі вмить здобув широку популярність і був двічі, в 2004 і 2005 роках, номінований на премію Teen Choice Award як «найкращий актор драматичного серіалу».
2005 року Маккензі дебютував у великому кіно, знявшись у незалежній драмі «Червневий жук»[5]. 2007 року зіграв невелику роль у трилері «88 хвилин» із Аль Пачіно в головній ролі, а з 2009 по 2013 роки входив до головного акторського складу телевізійного серіалу «Саутленд», де грав роль молодого поліцейського Бена Шермана. З 2014 року знімається у телесеріалі «Ґотем», де виконує роль детектива Джеймса Гордона.
З березня 2015 року живе у цивільному шлюбі з партнеркою по серіалу «Ґотем»Мореною Баккарін. 2 березня 2016 року у них народилася спільна дитина, яку назвали Френсіс Лайз Сетта Шенккан. У листопаді 2016 року пара оголосила про заручини. 2 червня 2017 року вони одружилися у Бостоні. У березні 2021 року Баккарін та Маккензі повідомили про народження сина.
